L'agent spécial Jill Valentine du B.S.A.A. a perdu contact avec Chris et sa partenaire Jessica. En suivant les coordonnées trouvées, Jill et Parker, son partenaire, sont envoyés dans un navire sombre pour les retrouver. C'est alors qu'elle découvre que ce navire est infesté de monstres, des armes bio-organiques appelées « Ooze », et d'autres créatures mutantes. Elle devra faire preuve de courage pour pouvoir s'échapper vivante du navire avec son partenaire et découvrir la lourde vérité sur Chris et le navire.
Pendant ce temps, dans des montagnes européennes recouvertes de neige, Chris Redfield et sa partenaire Jessica Sherawat sont témoins d'un crash d'avion ; bientôt, ils découvriront la base de Veltro, groupe bioterroriste possédant le Virus T-Abyss.
L'histoire de Resident Evil: Revelations a un lien avec la panique de Terragrigia qui fut envahie par les armes biologiques de Veltro en 2004.