Bien que le manoir ait été détruit, la menace n’est pas enrayée. Il y a toujours des monstres en liberté qui rôdent dans la forêt de Raccoon, certains d'entre eux errant même jusqu'aux limites de la ville de Raccoon City. Les recherches d’ Umbrella continuent, malgré la perte du laboratoire du manoir. 

Tout change vers la fin septembre 1998 : après qu' Umbrella ait ordonné l’attaque contre William Birkin, montrée dans Biohazard 2, les rats d’égouts répandent le virus dans Raccoon City. Alors que l’épidémie démarre lentement, elle se propage très, très vite. Bientôt, les zombies infestent les rues. Des centaines, si ce n'est des milliers de personnes sont tuées par les zombies et les mutants créés par le Virus-T. 

Les choses tournent rapidement mal et la loi martiale est déclarée. 

La police de Raccoon City essaie de combattre l’invasion des zombies, mais leurs efforts sont sabotés par le Chef de Police, Brian Irons, perdant de plus en plus la raison. Non seulement il isole Raccoon des renforts venant de l’extérieur de la ville, mais en plus il jette délibérément la confusion entre les policiers. 

Ainsi le 27 septembre, la première bataille importante de la police contre les zombies tourne au désastre. 

Les quelques policiers survivants se réfugient dans le commissariat et se barricadent afin d'essayer de créer un siège de résistance contre les zombies. Durant les trois jours qui suivent, les policiers et les civils survivants meurent un par un, dévorés par les mutants, les zombies, ou tués par Irons lui-même. Au moment où Claire et Leon arrivent dans le commissariat, le 30 septembre, le département de police de Raccoon est réduit à deux personnes : Irons et Marvin Branagh, qui est mourant. 

Pendant que la police combat les zombies, deux hélicoptères affublés du logo d’ Umbrella atterrissent dans la ville, et déposent une petit nombre d’hommes armés, portant eux aussi le logo d’ Umbrella sur leurs vêtements. Ces hommes, pourtant mieux équipés que la police, perdent de nombreux compagnons d’armes dans leur première rencontre avec les zombies, et se retrouvent rapidement en fuite. 

Le 28 septembre, Raccoon City est une ville fantôme, peuplée par des zombies et autres créatures issues du Virus-T. Un blocus militaire encercle Raccoon City, appliquant la quarantaine. Aucune aide n'est prévue. Des milliers de personnes ont été exterminées. 

Sans que l'on sache comment, Jill Valentine est parvenue à survivre à tout cela. 


Le matin du 28 septembre, seule, elle saisit sa dernière chance de s’enfuir. Littéralement éjectée de son immeuble, Jill trouve refuge dans un entrepôt non loin de là et rencontre un autre survivant. Elle essaie de le convaincre de venir avec elle, mais il refuse de quitter l’entrepôt après avoir perdu sa fille au milieu des zombies. Jill lui explique que leur seul espoir est de quitter la ville, mais il préfère s’enfermer dans une remorque à l’intérieur de l’entrepôt, plutôt que de l’écouter. 

De nouveau seule, Jill quitte l’entrepôt. Les rues sont étrangement calmes, peuplées occasionnellement par quelques zombies. Au milieu d’une petite ruelle, Jill est surprise quand un homme surgit soudainement d'un passage de la ruelle, poursuivi par une horde de zombies. Elle est doublement surprise lorsqu’elle reconnaît l’homme comme étant Brad Vickers. Après avoir pris congé du fan club de Brad, elle suit son collègue. 

Après l’avoir poursuivi à travers les rues et les ruelles de Raccoon, Jill le retrouve dans un bar du quartier. Ils parlent brièvement de ce que qui est arrivé dans la ville. Brad, bien qu’il soit blessé, se lève, disant à Jill : "Il vient pour nous. Nous allons tous mourir ! Il est après les membres du STARS . Il n’y a pas d’issue !". Sur ces mots énigmatiques, il quitte le bar. 

A l’extérieur, Jill ne parvient pas à le retrouver, et décide alors de poursuivre sa route toute seule. Elle arrive dans la rue qui donne sur le commissariat de police. Les deux côtés de la rue sont bloqués par des épaves de voitures, mais une ruelle non loin de là mène vers les quartiers résidentiels. La porte est fermée, mais Jill a laissé un passe-partout dans son bureau, au commissariat et se dirige donc vers celui-ci. 

Devant le bâtiment, Jill retrouve Brad, apparemment sérieusement blessé. Il commence à dire quelque chose, mais l’arrivée d’un nouveau monstre, une créature humanoïde vêtue de noir, lui coupe la parole. Son visage sans lèvres affiche une grimace figée (deux jours après cela, Leon et Claire vont rencontrer Mr X, qui ressemble beaucoup à cette chose). Jill est glacée d’horreur lorsque la créature attrape Brad par la tête et le soulève dans les airs. Le monstre tue Brad en lui défonçant la tête d'un tentacule, jette son corps et avance vers Jill, en grommelant un seul mot d’une voix atroce : "… STARS ... " 

Les armes de Jill semblent ne pas avoir d’effet sur la créature. Elle l’esquive et se réfugie dans le commissariat, claquant les portes derrière elle. Bien que les portes se déforment sous les coups du monstre, elles ne lâchent pas prise. En sécurité pour le moment, Jill se met à la recherche d’équipement et de munitions. Plus de la moitié du bâtiment a été rendue inaccessible par les policiers survivants, mais heureusement, elle a encore accès à son ancien bureau. Elle récupère sa vieille carte de police et une pierre, en chemin. 

Le bureau des STARS est saccagé. Quelqu’un a délibérément cassé la radio, et tous les bureaux ont été fouillés. 

Au moment où Jill se prépare à quitter la pièce en possession de son passe-partout, la radio reçoit une transmission quasi incompréhensible d’un homme dénommé Carlos. Son unité est en difficulté et aucun survivant n’a été retrouvé. Il demande à quiconque peut l’entendre de répondre, mais la radio cassée ne peut seulement recevoir les transmissions. Tout ce que Jill peut faire avant de quitter la pièce, c’est lui souhaiter bonne chance… 

Le seul avertissement que reçoit Jill avant le retour de la créature est le bruit de verre brisé. Elle descend les escaliers, et le monstre surgit d’une fenêtre du rez-de-chaussée, tenant dans une main un canon surdimensionné. Esquivant ses attaques, Jill parvient à peine à s’échapper du commissariat vivante. Elle déverrouille la porte de l’allée qui mène aux quartiers résidentiels, et continue à courir. Il semblerait qu’elle ait semé la créature. 

En chemin vers les quartiers résidentiels, la jeune femme trouve le cadavre d’un homme portant le logo d’Umbrella. A la lecture de son journal, elle apprend que l’homme était un membre de l’ UBCS, le Service des Contre-mesures d' Accidents Biologiques d'Umbrella, une unité paramilitaire interne contrôlée par Umbrella. Pour des raisons qui restent mystérieuses, Umbrella a engagé et envoyé des mercenaires à Raccoon City. 

D'autres cadavres de soldats de l’ UBCS jonchent le sol un peu partout. L’un d’entre eux gît non loin d’un garage, tué par une horde de chiens zombifiés, et un autre a été la victime d’une nouvelle créature, une sorte d’insecte mutant géant. Ces “suceurs de cervelle” attaquent Jill lorsqu’elle passe par un chantier de construction, mais n’ont pas le temps de vivre assez longtemps pour le regretter. 

Jill aperçoit un homme, dans la rue sortant du chantier, courant se réfugier dans un restaurant. Elle le suit à l'intérieur. L’homme se présente comme étant Carlos Oliveira, Caporal- chef de l’UBCS. Son équipe a été chargée de secourir les habitants de Raccoon, mais dès leur atterrissage, la mission ne s’est pas vraiment déroulée comme prévu. Avant qu’il n’ait eu le temps de continuer, la créature poursuivant Jill apparaît de nouveau, arrivant par la porte arrière du restaurant. 

Alors que la créature attaque, Jill remarque une fuit de gaz dans la cuisine du restaurant. Carlos et elle se cachent derrière le comptoir. Au moment où la créature s'arrête à proximité des tuyaux qui fuient, Jill jette un explosif dans sa direction. L'explosion qui s'ensuit manque de tuer Jill et Carlos, mais plonge également momentanément le monstre dans l'inconscience. 

Alors qu'ils quittent le restaurant, Jill demande à Carlos pourquoi son équipe a été envoyée à Raccoon. Carlos lui répond qu'ils sont venus ici pour secourir des civils, mais cette réponse ne satisfait pas Jill qui lui rétorque qu'Umbrella est largement responsable de la destruction de la ville. Carlos souligne que lui et ses camarades mercenaires ne sont que des hommes de main, et que si Umbrella a une autre motivation pour les avoir envoyés ici, il ne la connaît pas. Si Jill veut des réponses, elle s'adresse à la mauvaise personne. Un bruit soudain de verre brisé leur coupe la parole. Carlos invite Jill à rejoindre son équipe, et s'enfuit. Elle le suit, mais le monstre sort du restaurant, apparemment indemne, et reprend la poursuite. 

Après avoir semé la créature dans le quartier commerçant, Jill se cache dans le bâtiment des bureaux de presse de Raccoon. A l'intérieur, elle trouve une autre gemme comme celle qu'elle avait trouvée dans le commissariat. Les deux pierres se révèlent être les parties manquantes de l'horloge qui ouvre les portes de la Mairie de Raccoon City. Jill remet les deux gemmes à leur place et ouvre les portes. 

Les fenêtres de l'édifice sont condamnées et il semblerait que la mairie ait subi le même genre de siège que le commissariat. Un peu plus loin se trouve une petite gare, où un tramway est garé. A l'intérieur, Jill rencontre un homme aux cheveux gris dont l'uniforme porte le même logo que celui de Carlos. Jill le salue, supposant qu'il est l'un de ses équipiers. L'homme la regarde et s'étonne qu'une personne comme elle soit toujours envie. Jill réplique qu'elle est membre des STARS, et sa réponse semble le satisfaire. Il se dirige dans le wagon avoisinant, la laissant seule en compagnie d'un officier de l' UBCS. sérieusement blessé et en plein délire. Jill panse ses blessures du mieux qu'elle peut, et suit l'homme aux cheveux gris. 

En voyant Jill, Carlos, qui est dans l'autre wagon, renouvèle sa proposition antérieure. L'homme aux cheveux gris, qui semble être le superviseur de l'équipe de Carlos, déclare qu'ils ne peuvent pas faire confiance à Jill. Avant même qu'elle n'ait pu répondre, Carlos annonce qu'ils ont besoin de son aide, étant donné que leur unité a été réduite à lui même, l'homme aux cheveux gris et au lieutenant Mikhail, l'homme blessé qu'elle a rencontré dans l'autre wagon. Son supérieur, Nicholaï, accepte à contrecoeur et leur expose le plan qu'il a conçu. 

Un hélicoptère de sauvetage attend un signal de leur équipe. La zone d'atterrissage désignée est proche du beffroi St Michael, qui est un point de repère aisé de Raccoon City. Nicholaï a l'intention d'utiliser le tramway comme d'un bouclier mobile afin de traverser la ville, malheureusement le tramway nécessite d'être réparé en premier lieu. Jill et Carlos acceptent le plan et tous les trois se séparent afin de rechercher les pièces manquantes du véhicule. 

Non loin du tramway, Jill se dirige tout d'abord vers une station d'essence pour trouver de l'huile de moteur. Carlos la rejoint, mais une horde de zombies les repère et s'approche de la station d'essence. Alors qu'il les surveille, elle découvre un petit placard de rangement verrouillé dans lequel se trouve de l'huile. Lui décide de sortir pour repousser les zombies. 
La jeune femme parvient à ouvrir la porte à la hâte et attrape la petite bouteille d'huile. Avant qu'elle n'ait pu quitter les lieux, un fil électrique branché tombe dans une flaque d'huile de moteur dans le garage de la station d'essence et déclenche un feu. Jill se rue à l'extérieur par la porte de devant alors que la pièce s'embrase. 

Dehors, elle retrouve Carlos, gisant à terre, appuyé contre le mur, à ses côtés, une pile de cadavres de zombies. Jill pense un court instant qu'il est mort, mais il se relève en chancelant. Le feu se propage soudainement à l'extérieur du bâtiment, aux flaques d'essences qui s'écoulent des épaves des voitures alentour, jusqu'aux pompes à essence de la station. Jill et Carlos échappent de justesse à l'explosion qui éclate, détruisant la station d'essence et une partie de l'immeuble avoisinant. Alors qu'ils se relèvent, Carlos annonce à Jill qu'il part se mettre en quête de munitions et d'équipements supplémentaires et quitte les lieux. 

Jill parvient à trouver des pièces du moteur du tramway et retourne au véhicule pour voir si elle est en mesure de le réparer. A l'extérieur du tramway, Mikhail, en dépit de ses blessures, réussit à massacrer un groupe de zombies avant de s'effondrer. Jill court lui porter secours et lui demande s'il désire prononcer ses dernières paroles. Le lieutenant insiste en disant qu'il ne peut tout simplement pas arrêter de se battre à cause de ses blessures. Bien que les zombies soient eux aussi des victimes innocentes, comme elle le déclare, il n'a aucune raison de se sentir responsable pour tout ce qui est arrivé à la ville de Raccoon City. Après tout, aucun des soldats de l'UBCS ne fait vraiment partie d' Umbrella. Jill acquiesce et lui répond que c'est la seule raison qui la pousse à faire confiance à l' UBCS. 

Elle aide Mikhail à regagner le wagon et lui demande de se reposer. Elle essaie également de réparer le moteur du tramway. Alors que le câble électrique et le fusible qu'elle a trouvés fonctionnent tous deux, elle se rend compte qu'elle a besoin d'un additif spécial pour l'huile du moteur. Elle repart, rebroussant chemin, et se dirige vers les bureaux de vente d'Umbrella et l'entrepôt de produits chimiques. 

Avant de se rendre dans les bureaux, elle fait halte à l'entrepôt du centre ville de Raccoon où elle avait été forcée d'abandonner l'homme qui refusait de quitter la ville. Pénétrant à l'intérieur, elle découvre un groupe de zombies qui dévorent son cadavre avec voracité. Dans le fond de la remorque où il s'était caché, Jill trouve un livre dans lequel cet homme a écrit ses dernières pensées. Son nom est Dario Rosso et il avait toujours voulu devenir écrivain. 

Quand Jill arrive dans les bureaux d'Umbrella, Nicholaï est déjà sur les lieux. Il vient de tuer un autre soldat de l' UBCS qui était infecté par le Virus-T. Elle lui demande alors qu'il justifie les raisons de son acte, car l'homme était encore conscient quand il l'a abattu. Le superviseur lui explique, comme si c'était évident, qu'il préfère économiser ses munitions en tuant l'homme avant qu'il ne devienne un zombie. Jill est horrifiée par son inhumanité. 

Laissant Nicholaï, elle réussit ensuite à ouvrir la chambre de conservation des produits chimiques, et trouve enfin l'additif dont elle a besoin pour l'huile du moteur. Au même moment, une nouvelle horde de zombies s'introduit dans les bureaux de vente. Les hurlements atroces de Nicholaï se font entendre, et lorsque Jill parvient à se frayer un chemin jusqu'aux bureaux après avoir affronté les zombies, le corps du soldat de l'UBCS ainsi que celui du superviseur ont tous deux disparu. 

En retournant vers le tramway, elle est de nouveau prise en chasse devant la mairie par son infatigable poursuivant. Une fois de plus, la jeune femme court pour sauver sa vie et quand elle parvient à changer de rue, la créature ne la suit pas. Avant même qu'elle ait pu se demander pourquoi, le sol cède sous ses pas. Elle finit sa chute dans un sous-sol des égouts de la ville, investi par un énorme ver mutant. Jill l'affronte, esquive ses attaques, et réussit à quitter les égouts en s'enfuyant par une échelle de secours providentielle. 

De retour au tramway, elle finit son travail de réparation sur le moteur du véhicule. Peu après, Carlos fait irruption. La jeune femme lui annonce alors que Nicholaï ne les rejoindra pas. Le Caporal-chef accepte la sinistre nouvelle et se propose de conduire le tramway. Les deux wagons commencent à quitter la gare en douceur, quand un terrible impact vient ébranler le véhicule. Jill se met en quête de l'origine de cette violente secousse, lorsqu'elle réalise que la créature qui la pourchasse est parvenue à pénétrer à l'intérieur du tramway. Sans aucun moyen de s'enfuir, elle tente de le repousser en utilisant ses dernières munitions ; ce dernier s'écroule sans vie. De nouveau, il se relève, semblant remis d'une attaque qui aurait tué n'importe quel être vivant. 

Face au désarroi de Jill, Mikhail ouvre le feu sur la créature avec son fusil d'assaut, lui ordonnant de quitter le tramway. Le monstre avance vers le lieutenant qui arrive à court de munitions. La créature le plaque du revers de sa main contre la paroi du véhicule, avant de le projeter au fond du wagon. Un tentacule émerge de la main du monstre, s'enroulant autour de son poignet comme un serpent prêt à tuer sa proie et il se dirige d'un pas lourd et pesant vers Mikhail pour l'achever. Quelques secondes avant que le monstre ait pu le rejoindre, le mercenaire se retourne sur lui même, s'empare d'une grenade de sa veste et en retire la goupille. La créature est projetée hors du wagon par le souffle de la détonation. L'explosion tue Mikhail et a endommagé par la même occasion les freins du tramway. Jill tire alors le système d'arrêt d'urgence, mais le véhicule ne parvient pas à s'immobiliser avant qu'il n'entre en collision avec un mur. Elle perd connaissance. 

Jill reprend ses esprits, seule, dans la cour du beffroi St Michael. A ses côtés, se trouvent les restes disparates de l'épave du tramway. La nuit est tombée. Elle retrouve Carlos à l'intérieur de la tour. Pour une raison quelconque, il semble désormais persuadé qu'Umbrella n'a aucune intention de les laisser s'échapper vivants de la ville. Avant qu'il ne commence à perdre la raison, Jill le gifle, lui demandant s'il a l'intention d'abandonner. Il lui rétorque qu'il n'arrive pas à reprendre le contrôle de la situation et s'enfuit. 

Le beffroi est presque totalement désert, à l'exception de quelques zombies ou encore d'araignées géantes. Jill découvre à l'intérieur plusieurs cadavres de mercenaires de l'UBCS. L'un d'eux qui transportait avec lui une copie de la mission que l'unité devait effectuer : les membres de l'UBCS devaient bien entendu sauver les civils rescapés, mais ils devaient rechercher avant tout les employés travaillant pour Umbrella. 
L'hélicoptère de sauvetage semble être posé non loin de là, quelque part dans la banlieue de Raccoon City, attendant que quelqu'un ne déclenche le signal en sonnant les cloches du beffroi. Jill se précipite alors jusqu'à dans la tour du clocher pour se rendre compte que le mécanisme de sonnerie des cloches a été démonté. Résolvant une fois de plus une des nombreuses énigmes qui semblent foisonner dans Raccoon City, elle trouve une clef qui donne accès à la réserve de l'étage du dessous. 

La créature, visiblement saine et sauve, apparaît soudainement sur le balcon du beffroi. Jill arrache alors les fils électriques de l'un des projecteurs et électrocute le monstre en plongeant les fils dans une flaque d'eau. Alors que la créature gît sur le sol, prise de convulsions, Jill s'échappe, mais une fois de plus, le monstre finit par se relever et reprend la poursuite. Etrangement, il ne la suit pas alors qu'elle vient de dévaler les escaliers jusqu'à l'étage d'en dessous. 

Dans la réserve, Jill trouve une pièce ornée, un engrenage, qui s'emboîtera dans le mécanisme de sonnerie du clocher. Elle grimpe l'échelle, et de nouveau dans le clocher, installe la pièce. Le mécanisme se déclenche, les cloches se mettent à sonner aussitôt, et alors qu'elle s'élance au dehors, l'hélicoptère de sauvetage apparaît dans les airs. Jill lui fait signe d'atterrir, et pendant un instant, elle pense qu'elle est finalement sauvée. 

Elle se trompe bien évidemment. 

Un missile est soudainement lancé en direction de l'hélicoptère. Touché, l'appareil explose et s'écrase, défonçant la façade de pierre du beffroi et provoquant une pluie de débris embrasés qui s'abattent alors dans la cour du bâtiment. 
Jill lève la tête et aperçoit la créature debout, tout en haut du clocher, tenant le lance-missiles dans l'une de ses mains. Il se jette du clocher et atterrit devant elle, avec l'intention de l'achever une bonne fois pour toutes, semblerait-il. Avant que Jill n'ait pu réagir, la créature la transperce d'un de ses tentacules. Elle se sent subitement chancelante et souffrante, elle vient d'être infectée par le Virus-T. 

Carlos surgit aussitôt et fait feu sur le monstre qui, plus ennuyé qu'autre chose, riposte. Carlos est envoyé à terre, inconscient, par le souffle d'un tir très proche. Mais l'assaut de Carlos est parvenu à mettre hors d'usage l'arme du monstre : le lance-missiles a explosé sous le feu du mercenaire. Jill ouvre le feu à son tour, touchant la créature avec toutes les armes dont elle dispose. Le monstre, après avoir subi assez de dégâts pour décimer une armée toute entière, chancelle et s'effondre, face contre terre, dans les flammes de l'épave de l'hélicoptère. Jill avance en boitant jusqu'au corps inerte de Carlos et s'effondre près de lui, sombrant dans l'inconscience. Peu après, le mercenaire reprend ses esprits et prenant Jill dans ses bras essaie désespérément de la réveiller. 

Jill reste inconsciente durant deux jours, alors que Leon Kennedy et Claire Redfield réussissent à s'échapper de Raccoon City. Jill se réveille enfin dans la nuit du premier octobre, allongée dans la chapelle du beffroi. Carlos est là tout près, il a veillé sur elle pendant tout ce temps. Elle ne ressent aucune douleur de l'infection, mais c'est bien cela qui l'inquiête. Jill fait promettre à Carlos que si elle devient un zombie, il n'hésitera pas à la tuer. Ce dernier déclare ensuite qu'il va trouver un moyen de l'aider, et qu'elle sera en sûreté dans la chapelle jusqu'à son retour. 

Carlos quitte alors le beffroi en passant par la porte de la réserve et se retrouve dans une ruelle qui mène un peu plus loin à un hôpital. Il décide d'aller y jeter un coup d'oeil, espérant trouver un remède pour soigner Jill. 

Le hall d'entrée de l'hôpital est jonché de cadavres et partiellement fermé par un volet de fer baissé. Au moment même où Carlos pénètre dans le hall d'entrée, un zombie apparaît du fond de la pièce et avance doucement vers lui, traînant les pieds. Avant que Carlos n'ait pu l'abattre, quelque chose décapite le zombie de derrière. Un nouveau monstre, une espèce de créature reptilienne armée de griffes et visiblement très menaçante surgit alors en hurlant après sa nouvelle proie. Jill reconnaîtrait cette créature, baptisée " Hunter ", l'une des Armes Bio-Organiques les plus dangereuses qu'elle ait rencontrée au manoir. Après un affrontement violent et pourtant bref, Carlos se débarrasse du monstre et entre ensuite dans le bureau du docteur en chef. 

Carlos prend l'ascenseur privé du docteur en chef et monte jusqu'au troisième étage. L'hôpital grouille de Hunters, mais il rencontre aussi à l'occasion de petits groupes de zombies. Dans la salle des dossiers de l'hôpital, Carlos y retrouve Nicholaï, une arme encore fumante à la main et se tenant devant le corps d'un autre membre de l' UBCS. Le mercenaire demande des explications, mais la seule réponse qu'il obtient de Nicholaï est que ce dernier est l'un des superviseurs ; c'est tout ce dont Carlos a besoin de savoir. Nicholaï pointe alors son arme dans sa direction, mais avant qu'il n'ait pu tirer, l'homme étendu sur le sol, arrache la goupille d'une grenade. Carlos et Nicholaï se précipitent aussitôt pour se mettre à couvert, cependant Nicholaï s'échappe en sautant au travers des fenêtres de l'étage. 

Carlos est encore troublé par ce qui vient juste de se passer, mais il est bien décidé à continuer ses recherches. A sa grande surprise, il découvre un autre laboratoire d'Umbrella dans les sous-sols de l'hôpital. Dans ce laboratoire se trouvent deux créatures flottant dans des cuves d'incubation. Elles ressemblent aux Hunters, mais là où les Hunters que Carlos a combattu semblent provenir d'une espèce reptilienne, celles-ci semblent avoir été créées à partir d'une espèce de batraciens. (Ce sont probablement les MA-121 Hunters Beta mentionnés dans les dossiers spéciaux de RE 2 version N64). 

Carlos trouve une série d'instructions dans le laboratoire, et en s'appuyant sur les explications mentionnées et en utilisant les machines de la pièce, il réussit à créer un vaccin qui sera efficace contre le Virus-T. En chemin pour retourner au beffroi, il découvre qu'une surprise l'attend dans le hall d'entrée de l'hôpital : quelqu'un a placé assez d'explosifs pour démolir tout le bâtiment. Carlos se précipite alors à l'extérieur, parvenant de justesse à se mettre à couvert en atteignant la ruelle qui mène au beffroi. L'hôpital est complètement détruit par l'explosion, s'écroulant sur lui même. 

A l'intérieur du beffroi, les plafonds tremblent et grincent, comme si la tour allait subir le même sort que celui de l'hôpital. Alors que Carlos traverse le hall d'entrée du beffroi, les grincements s'intensifient et ce sont maintenant des martèlements qui se font entendre. Dans un fracas effroyable, la créature, qui pourchassait Jill à travers Raccoon City, surgit soudainement en traversant le plafond. Le lourd manteau du monstre a brûlé dans les flammes de l'épave de l'hélicoptère, révélant ainsi un corps couvert de tentacules qui se tortillent. Soit les flammes ont forcé la créature à se transformer, provoquant ainsi l'apparition des tentacules, soit elles ont détruit le manteau qui recouvrait son corps et qui cachait les appendices du monstre. Carlos essaie d'attirer l'attention de la créature en l'affrontant, mais cette dernière n'en démord pas et ne semble être intéressée qu'à rejoindre Jill. Fort heureusement, Carlos parvient à gagner la chapelle avant le monstre. 
 
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