Le jeu commence dans la forêt, à l'extérieur de Raccoon City, dans le middlewest américain. Une série de meutres étranges ont semé la panique dans la ville. Les deux personnages jouables sont Jill Valentine et Chris Redfield, deux membres de l'équipe Alpha des S.T.A.R.S.(Special Tactics and Rescue Squad) du Département de Police de Raccoon. 

L'équipe des S.T.A.R.S. a été chargée d'enquêter sur les meutres. Malheureusement, pendant que l'équipe Bravo des S.T.A.R.S. enquêtait dans la forêt, à la recherche d'indices, leur hélicoptère s'écrasa à la suite d'un dysfonctionnement. L'équipe Alpha se précipita sur les lieux pour enquêter, et ne trouva sur place que la carcasse abandonnée de l'hélicoptère. L'équipe Bravo avait disparu. 

Alors que l'équipe Alpha explore la zone à la recherche d'indices, ils sont observés à leur insu par quelque chose... 
Joseph Frost, le mécanicien de l'équipe, découvre une main coupée, tenant toujours un pistolet. Il hurle et la lâche, juste avant que quelque chose ne bondisse sur lui. Le reste de l'équipe est incapable d'empêcher la créature de le tuer. 

La créature qui a tué Joseph n'était pas seule. Les survivants de l'équipe Alpha courrent vers leur propre hélicoptère, mais leur pilote Brad Vickers panique et s'enfuit sans eux. Abandonnée au milieu des bois, l'équipe des S.T.A.R.S fuit la troupe de monstres - des chiens zombies - et trouve refuge dans un manoir non loin de là. Malheureusement pour eux, ils découvrent bientôt que le manoir n'est pas abandonné... 

En fonction du personnage choisi, le joueur peut vivre une aventure différente qui dépend de la façon dont il joue, des décisions prises, et quels personnages vont survivre avec le héros. Chris rencontre Rebecca Chambers, l'étudiante en médecine de l'équipe Bravo, pendant que Jill est aidée dans son périple par Barry, membre de l'équipe Alpha. Chacun sauve et est sauvé par l'autre. 

Les héros rencontrent bientôt les résidents de la maison. Les lieux sont infestés par des zombies affamés de chair, d'autres chiens morts-vivants, et un redoutable serpent géant. Une balle n'est jamais suffisante pour toutes ces hideuses créatures, et par chance ils parviennent à se procurer des armes plus puissantes, et davantage de munitions. 

Ils trouvent les malheureux membres de l'équipe Bravo un par un. Malheureusement la plupart d'entre eux sont morts, à moitié dévorés. Certains reviennent à la vie et les attaquent, d'autres vivent juste assez longtemps pour révéler quelques secrets du manoir. Des documents, parsemés dans l'ensemble du bâtiment informent peu à peu les enquêteurs sur la nature réelle des événements. 

Une malfaisante organisation, Umbrella, a conduit des expériences dans un laboratoire, quelque part dans la propriété. Un accident est arrivé, un virus mutagène s'est échappé, et les chercheurs, les gardes sont devenus des morts-vivants. 
Les héros doivent retrouver des éventuels survivants, et s'échapper le plus rapidement possible avant de contracter le virus, et de finir comme eux...

Chaque pièce du mystérieux manoir recèle un étrange puzzle qui doit être assemblé. Chaque énigme résolue libère une des clefs nécessaires au groupe pour s'enfuir du labyrinthe. Après avoir combattu le serpent géant, ils obtiennent la clef finale, mais la fin de l'aventure n'a pas encore sonné...

La porte juste débloquée leur donne accès à la maison du gardien, à l'arrière de la propriété, où grouillent de nouvelles créatures. Ils doivent survivre à la rencontre avec un requin et une plante mutante expérimentale, d'une taille gigantesque. Wesker fait une apparition, leur ordonnant de rejoindre le manoir pour continuer les recherches. 

A présent, le manoir est devenu plus dangereux encore qu'auparavant. Une horde d'étranges monstres mutants aux griffes tranchantes a envahi la bâtisse. Jill et Chris doivent maintenant se battre pour sauver les autres survivants, toujours sur les lieux. 
De nouvelles zones du bâtiment sont accessibles désormais, grâce aux objets trouvés dans la maison du gardien, et le serpent, blessé par le précédent combat, refait son apparition. 
De nouvelles horreurs attendent, dans le sous-sol, mais l'espoir ressurgit lorsqu'ils aperçoivent un héliport, à l'extérieur du bâtiment. Peut être que Brad Vickers aurait l'idée de faire un atterrissage d'urgence. 

Gagnant une caverne souterraine, ils rencontrent le leader de l'équipe Bravo, Enrico Marini, blessé, et à moitié mort. Il évoque la présence d'un traître parmi les S.T.A.R.S., mais il est tué d'une balle tirée de nulle part, avant de pouvoir révéler l'identité de ce fameux traître. 

Après avoir évité une grosse boule de pierre libérée par des pièges, et réussi à venir à bout d'une araignée géante, ils arrivent finalement dans un laboratoire sous-terrain secret et combattent d'autres effrayants spécimens d'armes biologiques expérimentales, tout en cherchant un moyen de déverrouiller le système d'évacuation d'urgence menant à la zone d'atterrissage de l'hélicoptère. 

A l'arrière de ce laboratoire infernal, le traître se révèle lui-même. Albert Wesker a contraint Barry à l'aider dans son projet qui consistait à utiliser les S.T.A.R.S. comme sujets de tests dans des situations de combat contre les armes bio-organiques développées par les laboratoires d'Umbrella. Il s'est arrangé pour détruire le laboratoire, les monstres, les héros, et de toute évidence il a l'intention de s'enfuir avec le Virus-T, et le vendre au plus offrant. Mais avant, il invite le personnage à assister à la naissance de sa meilleure création, l'ultime arme biologique. Désigné par le virus qui l'a créé, le Tyrant est un monstrueux géant mort-vivant. A peine libéré de son container, il empale littéralement Wesker avec son énorme griffe, avant de se tourner vers le malheureux héros qui ouvre le feu, et parvient finalement mais provisoirement, à en venir à bout. Il semblerait que cette l'arme biologique ultime soit un échec, finalement... 

Le système d'autodestruction s'active, et les survivants doivent se précipiter vers la zone d'atterrissage pour s'échapper. Poursuivi par par toutes les horribles créatures du laboratoire, l'un des personnages doit libérer l'autre personnage jouable avant de pouvoir en finir avec cet endroit. 

Sur la zone d'atterrissage de l'hélicoptère, ils déposent une fusée éclairante pour signaler leur présence, en espérant que Brad va finalement faire un atterrissage d'urgence. 
L'hélicoptère fait finalement une apparition, et stationne au-dessus de leurs têtes. A leur grande surprise, le Tyrant surgit du sol et les attaque... Le héros doit esquiver le monstre, jusqu'à temps que Brad jette un lance-roquettes, du haut de son hélicoptère. 

Attrapant rapidement l'arme et se dirigeant vers l'ennemi, le personnage le pulvérise en un million de morceaux. 

Dans la séquence de fin, l'hélicoptère s'enfuit avec les survivants, laissant derrière eux le manoir d'Umbrella exploser de toutes parts. 
     

Maintenant en sécurité, l'équipe survivante se prépare à sa prochaine mission...