Dans la nuit du 29 septembre 1998, Claire Redfield arrive en moto à Raccoon City. La lycéenne est à la recherche de son frère aîné, Chris Redfield, membre des S.T.A.R.S.. 

De l'autre côté de la ville, la nouvelle recrue du RPD, Leon Scott Kennedy est en route pour son premier jour de travail. Sur la route, il trouve un corps inerte. Quelques instants plus tard, arrive derrière lui un petit groupe de zombies, prêt à l'attaquer. 

Pendant ce temps, Claire entre dans un restaurant, et trouve un vieil homme, devenu zombie, en train de dévorer un cadavre. 

Les deux héros se trouvent encerclés, chacun de leur côté, par les zombies. Ils finissent par se retrouver face-à-face lorsque Claire ouvre la porte de derrière du restaurant, poursuivie par le vieil homme. Leon l'achève d'une balle dans la tête. Ils regardent de tous côtés pour trouver une issue, puis se ruent sur une voiture de police abandonnée, se frayant un chemin entre les monstres. 

Tout en se dirigeant vers le commissariat, ils se présentent rapidement, et Leon conseille à Claire de prendre avec elle l'arme qui se trouve dans la boîte à gants. Mais ils ne sont pas seuls : un zombie surgit de la banquette arrière et se met à étrangler Leon, qui perd le contrôle du véhicule. Après de multiples collisions, la voiture finit par heurter un poteau, le choc de l'impact éjectant le zombie par le pare-brise. Cependant, ils réalisent qu'un énorme camion dont le conducteur est devenu zombie fonce tout droit sur eux, et évacuent rapidement les lieux avant que n'aie lieu la collision. Séparés par les flammes et les épaves des deux véhicules, ils conviennent de se retrouver au commissariat. C'est ainsi que leur aventure individuelle prend place. 

C'est à ce moment que le joueur commence sa partie. Il faut préciser que le choix du premier scénario influencera le second : si vous choisissez de commencer le jeu avec Claire dans le cadre du premier scénario, vous le terminerez avec Leon (ce scénario est Claire A/ Leon B). A l'inverse, le second scénario (Leon A/ Claire B) ne sera pas expliqué en détails. Le 'Resident Evil Plot' dont est très fortement inspiré le présent texte ne tient pas compte de ce second scénario (les différences entre les deux scénarios seront traitées plus bas), puisque le premier est plus intéressant scénaristiquement au goût de l'auteur, et également au mien ;). 

Claire se retrouve dans les rues ravagées de Raccoon City, encerclée par les zombies. Elle se fraye un chemin entre eux, et échoue dans une armurerie (Kendo Gun Shop). Elle y rencontre Robert Kendo, l'armurier (nous découvrirons son identité dans Resident Evil 3), apparemment très peu au courant des événements, et pas tellement décidé à s'échapper de sa boutique, ni même de la ville. Alors qu'elle ramasse quelques boîtes de balles, les zombies brisent la devanture du magasin et tuent l'armurier. Incapable de faire quoi que ce soit pour le pauvre homme, Claire s'enfuit par la porte arrière du magasin et continue sa route vers le commissariat. 

Dans le tunnel situé sous l'entrée du commissariat, Claire rencontre un zombie particulièrement coriace ; il n'est autre que Brad Vickers, le pilote d'hélicoptère de l'équipe Bravo des S.T.A.R.S., mystérieusement infecté par le virus (nous aurons la réponse à cette question dans Resident Evil 3). Claire n'a d'autre choix que de l'éliminer. 

Elle pénètre dans le commissariat, et s'aperçoit que les deux premières portes sont verrouillées électroniquement. 

Pendant ce temps, Leon arrive par l'extérieur de l'aile est du commissariat. Sa route vers le lieu de rendez-vous est moins longue que celle de Claire, mais il lui faut trouver une clef, pour entrer dans le commissariat. Par chance, la clef se trouve dans une petite cabane juste à côté. Il évite quelques zombies, ouvre la porte du petit hangar, puis pénètre dans la cour intérieure du commissariat, sous l'héliport. Tout à coup, un hélicoptère apparaît ; un survivant lui fait signe. Malheureusement, celui-ci est attaqué par des zombies ; il essaye de leur tirer dessus mais cela n'a aucun effet sur eux, et les balles perdues atteignent malencontreusement le pilote. L'hélicoptère vient s'écraser sur l'héliport dans une forte explosion. Le feu peut être éteint, mais Leon doit pour ce faire trouver le volant de valve nécessaire pour ouvrir le réservoir d'eau. 

Dans le bureau principal de l'aile ouest du commissariat, Claire rencontre un policier encore vivant, mais sérieusement blessé, gisant sur le sol (nous apprendrons dans Resident Evil 3 que cet homme s'appelle Marvin Branagh). Il lui apprend en quelques mots que son frère Chris et que les autres membres des S.T.A.R.S. ont essayé de faire éclater la vérité, mais que personne ne les a cru. Il lui donne la carte qui lui permettra d'ouvrir les serrures électroniques dans l'enceinte du bâtiment, tout en lui demandant bien de secourir les derniers survivants potentiels avant de s'enfuir. Claire tente de protester, mais, ayant recours à ses dernières forces, il la pointe avec son arme et lui ordonne d'obéir. Claire se dirige vers la porte, tout en lui disant qu'elle reviendra le chercher. Il verrouille la porte de l'intérieur, une fois que Claire a quitté les lieux. Elle se dirige vers l'ordinateur du hall, qui lui permet de déverrouiller les portes et continue sa route. 

Leon parvient à trouver le volant de valve dans le bureau principal de l'aile est du commissariat, infesté de zombies. Il retourne à l'héliport et éteint le feu. 

Lorsqu'il s'apprête à ouvrir la porte pour pénétrer de nouveau dans l'enceinte du bâtiment, un autre hélicoptère apparaît ; il transporte quatre énormes containers, et lâche l'un d'entre eux sur le commissariat, révélant une gigantesque créature humanoïde, qui traverse le toit du complexe. 

Leon se trouve face-à-face avec lui dans le couloir ; il n'a d'autre choix que de vider son chargeur sur lui. Le monstre s'effondre sur le sol, et Leon peut trouver quelques balles sur son corps inerte avant de s'enfuir. Lorsque Leon quitte la pièce, l'humanoïde, demeuré inconscient seulement quelques instants, se relève et continue sa route. 

N'importe lequel des survivants de l'épisode du manoir pourrait reconnaître dans cette créature une nouvelle version du redouté Tyrant. 

Au même moment, et à différents endroit dans l'enceinte du bâtiment, Leon et Claire rencontrent une nouvelle et effrayante sorte de monstre, possédant des griffes tranchantes comme des lames de rasoir et dont la peau part en lambeaux. Grâce à sa langue, ce monstre peut transpercer le corps d'un homme en un instant. L'un des nombreux documents disséminés dans le commissariat fait référence à cette créature, sous le nom de 'licker', et son origine est inconnue. 

Au premier étage de l'aile ouest du commissariat, Claire se trouve dans le bureau des S.T.A.R.S. ; elle tombe sur le journal intime de son frère Chris. Dans ce document, daté du 8, du 17 et du 24 août Chris raconte que toutes ses tentatives pour parler de l'histoire du virus-T au Capitaine de Police furent vaines. Celui-ci refuse de l'écouter. Il constate également qu'Umbrella emploie un grand nombre de personnes dans cette ville, et que tout le monde refuse de parler de cette histoire. Par ailleurs, des monstres commencent à faire irruption aux quatre coins de la ville, et grâce à Jill et Barry, Chris a obtenu l'info suivante : Umbrella travaille actuellement sur une variante du Virus-T, le Virus-G. Suite à cette nouvelle, ils ont décidé de partir pour le quartier général d'Umbrella, en Europe. 

L'attention de Claire est appelée par l'arrivée d'un fax. Le document n'est autre qu'un rapport d'enquête interne sur Brian Irons, le Capitaine de Police. Ce rapport révèle que depuis 5 ans, Irons a touché des pots-de-vin de la société Umbrella ; il révèle également qu'Irons a réussi à étouffer l'affaire du manoir qui servait de laboratoire, affaire dans laquelle Umbrella était directement impliquée. Le document fait état en dernier lieu du passé douteux du Capitaine de Police. Claire commence à comprendre ce qui se passe dans cette ville… Elle sort du bureau, et tombe nez à nez avec une petite fille poursuivie par un zombie. Pendant que Claire s'occupe du monstre, la petite fille effrayée s'enfuit à la vue de Leon, qui se trouve dans la pièce juste à côté. Elle se glisse dans une petite ouverture d'une porte cassée avant qu'il ne puisse la rattraper. Claire rejoint Leon, et ils conviennent de retrouver la petite fille avant de s'échapper de ce cauchemar. Le jeune policier lui remet un talkie-walkie pour qu'ils restent en contact, avant qu'ils ne se séparent à nouveau. 

Leon trouve les deux parties d'un rapport d'opération de police, détaillant les événements des tout derniers jours. De courageux citoyens de Raccoon ont fait une effroyable impasse dans le commissariat, pour lutter contre les morts-vivants. Certains d'entre eux se sont échappés par la sortie du sous-sol, dans l'aile est. 

Il trouve également une note lui étant adressée par ses futurs collègues du commissariat, lui faisant part d'une fête de bienvenue qu'ils lui avaient préparée. Il semblerait que sa petite fête soit annulée… 

Il se dirige vers le sous-sol, pendant que Claire est surprise par un hurlement de femme, au premier étage. Ce cri semble venir de derrière l'entrée, obstruée par l'épave de l'hélicoptère. 

Claire a besoin d'une bombe pour faire sauter la carcasse… Non loin de là, elle trouve la clef de carreau qui lui permettra d'ouvrir la porte du rez-de-chaussée, et de sauver le policier qui lui a donné la carte pour déverrouiller les portes. Lorsqu'elle arrive vers lui, il est inerte sur le sol, après avoir combattu les monstres, en vain. Claire comprend maintenant pourquoi il l'a forcée si rudement à le laisser dans cette pièce : d'un seul coup il se redresse, et lui laisse le triste privilège d'assister à sa transformation en zombie. Claire l'abat d'un geste rapide. Elle trouve un détonateur pour sa bombe, et retourne au premier étage. 

Au sous-sol, Leon évite les coups de feu d'une belle femme, nommée Ada Wong. Elle recherche un journaliste, Ben Bertolucci, qui devrait se trouver dans une des cellules de prison du sous-sol. Après l'avoir gracieusement aidée à libérer le passage qui la conduirait vers les cellules, 

Leon se retrouve seul, la belle inconnue ayant déjà pris la fuite. Il tente de la retrouver, mais à la place il trouve le journaliste, enfermé dans l'une des cellules. Ada les rejoint, mais où elle est allée entre le moment où elle a quitté Leon et cet instant, reste un mystère. 

Questionnant Ben, elle lui rappelle tout d'abord qu'il a déclaré aux autorités de Raccoon qu'il savait ce qui s'était passé dans la ville ; puis elle finit par lui demander ce qu'il leur a dit. Ben refuse de lui répondre, et elle révèle qu'elle recherche son petit ami, John, qui travaille pour la Branche des Bureaux d'Umbrella, à Chicago. Il a disparu de cet endroit il y a six mois, et on l'aurait vu à Raccoon City. 

Le journaliste refuse toujours de lui dire quoi que ce soit. Soudain retentit un affreux cri de bête sauvage. Ben s'est enfermé à clef dans sa cellule pour se protéger, et refuse de partir, malgré l'insistance de Leon. Il indique le chemin à suivre pour s'échapper du commissariat. Ada disparaît, et Leon court après elle. 

Claire fait exploser la charge de plastique sur l'épave de l'hélicoptère, et trouve derrière un bureau orné d'animaux empaillés et un horrible trophée. Le corps de la fille du Maire est étendu sur le bureau, une blessure lui traversant tout l'abdomen. Derrière le bureau, est assis le Capitaine de Police, Brian Irons, qui a complètement disjoncté. Bien que la blessure de la fille ressemble à un impact de balle, il déclare qu'elle a été attaquée par un zombie, et qu'elle devrait ressusciter dans moins d'une heure. Il dit que le seul moyen de stopper la zombification est de la décapiter, ou de lui mettre une balle dans la tête. Il reconnaît que la taxidermie était son passe-temps (ce qui le relie directement au Manoir Arklay, à cause de tous les animaux empaillés, exposés comme des trophées, trouvés par l'équipe des S.T.A.R.S. sur place). Attristé, il demande à être laissé seul. 

Leon a trouvé le chenil, et le réseau d'égouts sous la ville. Dans la station d'épuration, il se trouve face à ce qui semblerait être une porte de sortie, mais il ne possède pas toutes les clefs nécessaires à son ouverture. En sortant de cette pièce, il trouve Ada en train d'inspecter l'usine de traitement des eaux usées. Elle se trouve face à un conduit ouvert, qu'elle ne pourrait atteindre qu'avec de l'aide. Lorsqu'elle atterrit de l'autre côté, elle tombe face à face avec la petite fille qu'ont rencontrée auparavant Leon et Claire.

Celle-ci a fait tomber un pendentif, qu'Ada ramasse au cas où elle reverrait la petite. 

Après une recherche rapide, elle trouve une des quatre clefs du commissariat et retourne devant l'entrée du conduit qu'elle a emprunté. Elle lance la clef à travers le conduit, mais elle ne peut rejoindre l'autre côté car l'entrée est trop haut pour qu'elle arrive à se hisser seule. Encore une fois, elle part de son côté, malgré les ordres de Leon. 

Dans la pièce à côté du bureau du Capitaine, Claire entend les bruits de pas de quelqu'un qui la fuit ; elle trouve la petite fille accroupie dans le noir. Elle contacte Leon par la radio, pour lui signaler qu'elle a dégagé l'épave de l'hélicoptère et trouvé la petite fille. Celle-ci déclare d'appeler Sherry Birkin. Ses parents travaillent à l'usine pharmaceutique d'Umbrella. Sa mère l'a appelée pendant la déclaration du Virus-T et lui a donné l'ordre d'aller au commissariat de police, où elle aurait dû être en sécurité. Sherry entend la voix de son père dans le bâtiment, mais elle ne parvient pas à le trouver, et une effrayante créature la pourchasse. 

Un rugissement atroce retentit non loin de là ; Sherry s'enfuit. Claire pénètre de nouveau dans le bureau du Capitaine, qui a déserté les lieux avec le corps de la fille du Maire. Cependant, elle trouve son journal sur son fauteuil, qui laisse entrevoir l'étendue de sa dépravation ; il n'a laissé aucun survivant derrière lui. 

Leon est de retour dans l'enceinte du commissariat, à la recherche des clefs qui lui manquent pour ouvrir la porte qu'il croit être une porte de sortie. Alors qu'il est à la recherche d'indices, au rez-de-chaussée, dans l'aile est, l'horrible Tyrant surgit dans la pièce en défonçant le mur. Ce n'est qu'après avoir vidé ses chargeurs sur lui que Leon parvient à le rendre inconscient, le temps de prendre l'objet dont il a besoin et de sortir de la pièce. Alors qu'il se croit débarrassé, le monstre surgit encore en défonçant un autre mur…

Après avoir rassemblé plusieurs objets, Claire retrouve finalement la petite fille dans le bureau du Capitaine. Derrière son bureau se trouve une porte secrète, et Claire part explorer les lieux en laissant Sherry derrière elle. Un ascenseur la conduit dans une sorte de cachot personnalisé, sous le commissariat. Elle entend le Capitaine hurler. 

Dans sa chambre privée, le Capitaine Irons est projeté dans un coin de la pièce par une hideuse créature mutante. Celle-ci projette quelque chose dans la gorge de Irons…

Dans une hideuse salle de torture, Claire trouve le Capitaine, déchaîné, enragé et armé. Il explique à Claire que sa ville a été prise d'assaut par les monstres expérimentaux de la Umbrella Corporation. Il dénonce un homme, William Birkin, comme étant la personne à blâmer… Claire reconnaît le patronyme : c'est le même que celui de Sherry. Irons expose le fait que Sherry est la fille de cet homme. Complètement paranoïaque, Brian Irons est prêt à tuer Claire avec une arme de poing. Avant qu'il ne puisse arriver à ses fins, quelque chose fait éclater sa poitrine. 

Une petite créature s'échappe d'un bond du corps du Capitaine, échoue sur le sol et s’échappe par une trappe à proximité. Claire suit cette chose, et la voit grandir rapidement pour devenir une sorte d'horrible bébé monstre qui se prépare à l'attaquer. Claire s'en débarrasse assez aisément, et retourne au premier étage pour retrouver Sherry. 

Après avoir une fois de plus rendu le Tyrant inconscient, Leon se dirige vers la tour de l'horloge, où il trouve la dernière pièce du bizarre puzzle du Capitaine. Maintenant capable de sortir du commissariat, il trouve une ventilation ouverte, qui mène tout droit au sous-sol. 

Il entend Ben hurler, dans sa cellule, non loin de là. Il se précipite vers le refuge du journaliste, mais il est déjà trop tard. Le même parasite que celui du Capitaine était venu l'infecter ; et c'est à moitié mourant qu'il remet à Leon un document faisant état du rôle que tenait le Capitaine Irons dans une conspiration gouvernementale. Dans une atroce douleur, Ben finit par mourir.

Ada finit par rejoindre Leon, et ils lisent le document ensemble. Il s'agit d'une série de lettres de William Birkin, adressées au Capitaine de Police, expliquant en détails comment Umbrella faisait en sorte que Irons garde secrètes les actions engagées par la société dans Raccoon City. Birkin indique également dans l'une de ses lettres qu'Umbrella aurait envoyé des espions pour voler ses recherches. Ada se dirige vers la porte de la prison précipitemment, sous prétexte qu'elle doit retrouver John ; elle pense qu'il se trouve dans l'usine de produits chimiques. Elle s'enfuit avant que Leon n'aie pu la retenir. 

Celui-ci reçoit un appel radio de Claire, qui le prévient qu'elle a trouvé un autre accès pour le rejoindre dans les égouts. 

Leon court après Ada, mais est contraint d'éliminer temporairement le même monstre qu'a combattu Claire ; celui-ci a subi une nouvelle mutation et est déjà beaucoup plus résistant. Lorsqu'il est trop affaibli par les tirs répétés de Leon, il se jette par-dessus la rambarde, échouant on ne sait où dans les égouts. Leon ouvre la porte de sortie. 

Dans les égouts sous le commissariat, Sherry est séparée de Claire lorsqu'un conduit de drainage s'ouvre et l'aspire vers le niveau inférieur. Sherry court se réfugier dans un dépôt d'ordures. Au moment où son attention est attirée par une médaille, qui brille dans le noir, le sol s'affaisse sous ses pieds et elle se retrouve, inconsciente, au niveau inférieur. 

Le monstre, qu'ont déjà combattu Leon et Claire, s'approche doucement de la petite fille…

Ada rejoint soudainement Leon, qui la sermonne au sujet de ses fuites répétitives. Il finit par la convaincre de rester avec lui. 

En cherchant partout dans l'espoir de retrouver Sherry, Claire tombe sur sa mère, Annette. Cette femme travaillait avec son mari, William Birkin, sur une arme biologique appelée le Virus-G, une substance mutagène qui transforme tout ce qu'il infecte en monstre. Birkin s'est injecté lui-même le virus quand des agents d'Umbrella sont venus lui arracher les échantillons de son virus, après l'avoir très gravement blessé, toutefois de manière accidentelle. 

Le Virus-G régénère les cellules mortes, mais il les fait également muter. Birkin est devenu un monstre, un 'G-Type', et est parti se venger de ses assassins en parcourant les égouts. L'un des agents possédait la malette qui contenait les échantillons. Birkin a écrasé ceux-ci, répandant la précieuse substance sur le sol. Les rats ont ensuite répandu le virus dans toute la ville… 

Un sujet infecté par le Virus-G cherche à se reproduire, mais il lui faut pour cela chercher un corps qui peut servir d'hôte à l'embryon. Quand Annette apprend que Sherry se trouve dans la station d'épuration, elle reçoit un choc : le virus peut uniquement être inséminé à un hôte dont les gènes seraient complémentaires à ceux du sujet qui veut implanter l'embryon… Birkin cherche la petite Sherry pour lui implanter un embryon. Non loin, ils entendent la petite fille crier. Claire envoie Annette chercher dans la direction opposée de la sienne, et continue son chemin. 

Alors que Leon et Ada cherchent dans la station d'épuration des armes et des munitions, ils tombent nez à nez avec Annette. Ada tente de poursuivre la scientifique, mais celle-ci est armée et tire en direction d'Ada, mais Leon saute devant elle pour la protéger, et est touché par la balle. Leon gît sur le sol, inconscient et sérieusement blessé. Ada décide de poursuivre Annette. 

Claire trouve Sherry dans le vide ordures, gisant inconsciente dans un tas de décombres. Elle crie en direction de la fillette, mais un alligator gigantesque surgit de l'eau et se jette sur Claire, qui court dans la direction inverse. Elle trouve un bouton qui libère une bonbonne de gaz ; lorsque l'alligator attrape celui-ci dans sa mâchoire, Claire tire. L'explosion projette des morceaux de la mâchoire de l'animal partout. 

En arrivant devant Sherry, Claire trouve une sorte de ver rouge, glissant à côté du corps de Sherry ; un embryon de William… Agitée, Sherry se plaint de douleurs d'estomac. Bien que n'étant sûre de rien, Claire lui assure que tout ira bien. Elle conduit Sherry hors des égouts infestés d'araignées géantes, marchant entre les corps de plusieurs soldats portant des masques à gaz…

Ada poursuit la scientifique à travers les égouts. Elle la retrouve dans la zone de contrôle centrale. Annette fait sauter l'arme d'Ada hors de sa main, un tir d'expert pour une scientifique… Elle avance vers Ada, en la pointant avec son arme, et elle l'interroge. Apprenant qu'Ada est à la recherche de son fiancé, John, Annette réalise qu'elle est en train de parler de l'un des chercheurs du laboratoire du manoir. Elle sait que John est devenu un zombie, et qu'il est mort quand le laboratoire a été détruit. Elle fait remarquer que son mari, William, travaillait au manoir également, et que c'est là-bas qu'il a développé le Virus-G. 

Annette commence à parler de ce nouveau virus à Ada, quand elle remarque le médaillon qu'elle avait donné à sa fille, autour du cou de la jeune femme. 

D'une manière soudainement agressive, elle le réclame. Un début de bagarre s'ensuit. Ada finit par envoyer Annette par-dessus la rambarde, et celle-ci tombe dans l'eau, au niveau inférieur. 

En ouvrant le médaillon de Sherry, Ada trouve un compartiment secret contenant un échantillon du Virus-G. 

En sortant des égouts par une porte, auparavant masquée par une cascade, Claire et Sherry découvrent un tramway souterrain. Après l'avoir démarré, elles se mettent en route pour une destination inconnue. 

Mais elles ne sont pas encore hors de danger, comme en témoignent ces cris de morts vivants non loin de là. Claire nettoie les couloirs remplis de zombies, avant d'arriver au téléphérique. 

Elle trouve à l'intérieur la clef du panneau de contrôle, qui se trouve devant la porte du téléphérique. Une alarme signale l'activation de l'engin, et les filles courent à l'intérieur. La plate forme entière se dégage et se met à descendre. Il semblerait qu'elles ont trouvé une sorte d'ascenseur secret…

Sherry ne peut plus supporter les douleurs infligées par son estomac, et perd connaissance. Son monstrueux père fait irruption, menaçant de réduire le téléphérique en pièces. 

Claire se précipite à l'extérieur et esquive la barre de barre de fer lancée par William. Celui-ci se met à muter, et poussent de son corps une nouvelle tête et une gigantesque griffe. Claire bombarde la chose avec autant de grenades qu'il en aurait fallu pour brûler une forêt. Quand le monstre est finalement face contre terre, dans une mare de son propre sang, Claire rejoint l'intérieur de la cabine pour retrouver la petite fille. Le téléphérique termine sa descente, et la jeune femme transporte Sherry, inconsciente, dans la salle de sécurité du complexe. Il semblerait qu'elle ait découvert un grand laboratoire secret souterrain. 

Leon, à moitié délirant, se réveille et se met à rechercher Ada. Il la trouve dans le même endroit où Claire s'était fait attaquer par l'alligator. Après avoir bandé la blessure du jeune policier, Ada lui apprend que son fiancé, John, est mort. Toutefois, elle ne semble pas tellement affligée par cette nouvelle, et entraîne Leon à vite sortir des égouts. 

Sur la plate-forme, Leon rappelle le tramway. Pendant le trajet, ils se font attaquer par William, qui n'est pas encore mort. Il donne des coups de sa gigantesque griffe à travers le plafond, afin d'atteindre les deux passagers. 

Ada tire sur sa main, et l'ampute de l'un de ses doigts. Le monstre bat en retraite, et les deux autres sortent du tramway, se dirigeant vers le téléphérique. 

Claire allonge Sherry sur un lit de camp dans la salle de sécurité, et lui donne sa veste pour lui tenir chaud. Sortie de son inconscience, elle fait savoir à Claire qu'elle lui fait confiance, et qu'elle dépend d'elle comme elle n'a jamais dépendu de personne. La jeune femme lui assure qu'elle va trouver quelque chose pour la soigner. 

Leon doit rappeler le téléphérique que vient d'emprunter Claire. Laissant Ada dans la salle de contrôle, il descend dans une salle de sécurité secrète pour y récupérer l'une des clefs qui activent le téléphérique. 

Lorsqu'il se retourne vers la caméra de surveillance braquée sur la porte par laquelle il est entré, il voit avancer lentement le terrifiant agent d'Umbrella qui se dirige tout droit vers lui. Après une bataille supplémentaire avec "Mr X", Leon retourne dans la salle de contrôle, où il trouve Ada, indemne. 

Ils descendent ensemble vers le laboratoire d'Umbrella. Toutefois le voyage ne se passe pas sans encombres : William est de retour. Il traverse le mur avec sa griffe, touchant Ada qui tombe, inconsciente. Leon sort pour combattre le monstre, dont la taille a doublé, et qui se trouve affublé de deux bras supplémentaires. 

Leon le terrasse, momentanément, à coup de fusil à pompe. Sérieusement blessé, le monstre se hisse aux parois du mur, laissant le téléphérique descendre, et ses ennemis s'échapper. 

Dans le laboratoire, Claire réalise qu'il n'y a pas d'électricité. Elle remédie à ce problème en plaçant un fusible dans le générateur, et se prépare à explorer les lieux. Elle réalise qu'Umbrella a conduit ses expériences plus loin avec les végétaux, telle cette titanesque plante grimpante qui pousse à la base d'une simple tige. Sa progéniture se déplace sur le sol, crachant de l'acide. Pire, il y a dans cet endroit une variété encore plus puissante de lickers que ceux rencontrés auparavant. 

La plate-forme du téléphérique s'arrête brusquement de descendre, à cause d'une surchauffe, et stoppe à un étage supérieur du laboratoire. Leon laisse Ada, blessée, dans le téléphérique, pendant qu'il part chercher quelque chose pour soigner sa blessure. Il se hisse dans un conduit de ventilation et atterrit dans un corridor. Le téléphérique se remet tout à coup en marche et continue sa descente… Leon a perdu Ada de nouveau. Il trouve un ascenseur qui le conduira à la même destination que celle du téléphérique, mais celui-ci ne peut fonctionner sans énergie. Il trouve une porte vers une centrale d'énergie, mais elle est verrouillée. 

Dans une immense salle où se trouve un bassin qui dégage une forte chaleur, Leon se fraye un chemin entre deux lickers, et finit par activer le courant de l'ascenseur de secours. 

Il se dirige vers celui-ci quand il rencontre Annette sur son chemin, qui pointe son arme sur lui. Elle lui déclare qu'il est bien stupide de croire en Ada, puisque la femme dont il est tombé amoureux est une espionne qui travaille pour le compte d'Umbrella, qui se sert de lui uniquement pour l'aider à dérober le Virus-G. Leon refuse de la croire, mais la scientifique s'en moque bien et se prépare à lui tirer dessus, lorsque Mr X surgit du plafond. Annette s'enfuit. Fuyant également le monstre, Leon se dirige vers la centrale d'énergie dont il a maintenant la clef et la déverrouille. 

Le géant en imper l'a suivi, et est sur le point de coincer Leon lorsque des coups de feu retentissent… Ada est de retour, et elle tire en vain sur Mr X… Malheureusement, elle se trouve à court de munitions, et au moment où elle recharge son arme, le Tyrant saisit la jeune femme. Elle lui tire plusieurs balles dans la tête, à bout portant. Temporairement aveuglé, le monstre projette Ada contre un panneau de contrôle avec une violence incroyable, brisant probablement chaque os de son squelette. Le sang jaillissant de son visage, Mr X tombe de la plate-forme et échoue dans un bassin en fusion, à l'étage inférieur. 

Leon se précipite vers Ada. Dans ses derniers instants, elle lui avoue les sentiments qu'elle éprouve pour lui. Leon l'embrasse passionnément. Soudain, le corps de la jeune femme devient inerte. Elle vient de mourir… Fou de douleur et de chagrin, Leon hurle son nom. 

Malgré cette tragédie, il doit se remettre en route. Près du corps de sa bien-aimée, il trouve une clef que le monstre a laissée tomber avant de tomber dans le bassin. 

Après que Claire ait trouvé une carte magnétique dans le laboratoire de recherche, Annette apparaît de nouveau. Elle est toujours armée, et dangereuse. Par ailleurs, elle sait que Claire a essayé de tuer William… La jeune femme lui explique que William a implanté un embryon dans le corps de sa fille, et le monstre se manifeste juste à ce moment. Annette court précipitamment vers le lieu d'où proviennent les grondements. William surgit du plafond, toujours en vie. Plus monstre qu'humain à présent, il frappe sa propre femme d'un terrible coup de griffe. Lorsque Claire arrive, il s'est déjà enfui par le plafond. Annette, mourante, supplie Claire de sauver Sherry. Elle lui donne les instructions à suivre pour créer un antidote contre le Virus-G, en utilisant le matériel qui peut être trouvé quelque part dans le laboratoire.

L’unité centrale endommagée dans la centrale d’énergie est secouée par les explosions. Des éclairs parcourent l’immense colonne. Une voix d’ordinateur signale que le système d’auto-destruction a été activé, et que tout le personnel doit évacuer par le train qui se trouve l’arrière du labo. 

Au bord du bassin de métal en fusion, une gigantesque main griffue émerge du liquide brûlant. Mr X n’est toujours pas mort, et pourrait être plus dangereux que jamais. 

Claire court en direction de la salle des moniteurs. Un détecteur de mouvement signale que quelqu’un d’autre est présent dans le labo. Leon est sur l’un des écrans, sortant tout droit de la centrale d’énergie. Claire lui demande de retourner au bureau de la sécurité pour aller chercher Sherry, pendant qu’elle s’affaire pour créer un antidote contre le Virus-G.

Leon prend l’ascenseur, pour descendre chercher Sherry . Il utilise la clef principale dans l’ascenseur pour accéder au tunnel de secours et rejoindre la sortie d’urgence, un train à grande vitesse.

Suivant les instructions pour fabriquer le vaccin, Claire se précipite dans la salle des VAM, au 4e sous-sol du laboratoire. Tuant encore quelques-uns des derniers zombies, elle trouve une base de vaccin. Lisant les instructions du vaccin nom de code « Demon », elle insère le container dans la machine et lance le processus, destiné à synthétiser la base. Une fois l’opération terminée, elle se dirige vers le laboratoire de Birkin, au 5e sous-sol. 

Leon trouve le train, mais il n’y a pas de courant. Il allonge Sherry sur le lit de camp à l’intérieur, puis trouve la clef de la plate-forme à l’arrière du train. Il s’active pour trouver un moyen de démarrer le train…

Claire insère la base de vaccin dans le synthétiseur qui se trouve dans le labo du Dr Birkin, et la machine crée le vaccin « Demon » automatiquement. Sur le chemin du retour, elle accède à un corridor qui la mène à une salle où se trouve un immense monte-charge, qui l’emmènera vers la plate-forme du train. 

Une explosion secoue le laboratoire tout entier. L’ordinateur annonce que la phase d’auto-destruction a commencé. Il ne reste plus que cinq minutes avant l’explosion…

Leon traverse un pont au dessus du train, qui mène vers la plate-forme opposée. Il déverrouille le compartiment qui contient les prises du courant pour le générateur du train. Il emmène ces deux prises dans la pièce d’à côté et les insère dans la grille. L’ordinateur le prévient que le courant sera coupé, momentanément, pour alimenter le train en énergie. Juste à ce moment surgit une gigantesque créature derrière Leon… Mr X est enflammé et complètement métamorphosé par sa trempette dans la cuve en fusion…

Avec ses deux griffes, il fonce sur Leon, frappant Leon d’un bout à l’autre de la pièce. Tout à coup, une autre silhouette familière fait son apparition, en haut de la tour en face de lui. Portant toujours à son cou le pendentif de Sherry, Ada jette à Leon un lance-roquettes, du haut de la plate-forme. 

Le policier la reconnaît, mais n’a pas un seul instant à perdre. Il se précipite sur le lance-roquettes et tire sur son vicieux adversaire. La créature explose en mille morceaux. Le courant est maintenant rétabli, les lumières s’allument donc. Il ne reste plus que deux minutes avant l’explosion, et Leon court vers le train.

Claire attend patiemment l’ascenseur pour rejoindre son étage, mais ses pensées sont soudainement interrompues lorsque quelque chose défonce le plafond, juste au dessus d’elle. Elle se recule avant d’avoir pu être écrasée par le G-Type. Elle tire plusieurs grenades sur la monstruosité génétique, puis il se transforme soudain en une bête à quatre pattes difforme, plus puissante que jamais. 

Claire court le long de la pièce, jouant le rôle du matador lorsqu’il l’attaque. Finalement, ses armes finissent par avoir raison de lui, le transformant en une flaque de gelée génétique. L’ascenseur de Claire arrive, à ce moment précis, et elle descend vers la plate-forme de chargement du train. 

Leon trouve quelques zombies nus sur la plate-forme du train. Faisant sauter leurs têtes un peu partout, il actionne la manette qui ouvre la porte gênant le passage du train. Il fait marche arrière vers le train, entre dans la cabine et démarre le train. 

Claire arrive sur la plate-forme juste au moment où le train démarre. Elle voit Leon, se penchant par une porte ouverte, lui criant de se dépêcher de monter. Elle manque cette opportunité, mais par chance, il y a une autre porte ouverte.

Une fois qu’elle se trouve à l’intérieur, le laboratoire d’Umbrella finit son compte à rebours par une forte explosion. Le train est sévèrement secoué, jetant à terre Sherry, toujours inconsciente. Claire lui injecte rapidement le vaccin et attend, ne répondant même pas aux questions de Leon. Sherry revient finalement à elle et remercie Claire de l’avoir sauvée. 

Leon pense qu’ils sont hors de danger, mais Claire n’est pas de cet avis. Elle doit toujours retrouver son frère… Leon retourne dans la cabine. Toujours profondément attristé, il murmure un dernier au revoir à Ada. 

Le train se met soudainement à tanguer violemment. Leon sort de la cabine pour retrouver Claire et Sherry. Personne n’avait idée de ce que ça pouvait être. Leon court vers l’arrière du train. Celui-ci est équipé du même système d’ordinateurs que le labo, qui prévient les passagers qu’un danger biologique a été détecté à bord. Le train doit exploser dans seulement deux minutes… Leon court vers le fond du train. 

A l’arrière, des tentacules géantes transpercent le plafond. Leon se retrouve face-à-face avec le G-Type qui fait une nouvelle apparition. Birkin n’est plus qu’une vague forme noire gigantesque, doté de quatre gigantesques tentacules. Leon tire sur la chose, jusqu’à ce qu’elle perde une fois de plus sa solidité, puis il se dirige vers la cabine du train. 

Leon, se tenant entre les deux wagons, découvre que la porte est bloquée, et Claire ne peut l’ouvrir de l’autre côté. Il lui demande d’arrêter le train, mais la porte de la cabine de contrôle est fermée. Le danger biologique serait apparemment toujours là… et toujours après Sherry. Le G-Type s’est en effet reconstitué, et est sur le point de faire irruption dans le wagon… Claire, ne sachant pas où Leon se trouve, ordonne à Sherry de se cacher. La petite fille ouvre une ventilation qui mène à la cabine, et promet à Claire qu’elle arrêtera le train. 

Leon se trouve sur le toit du train, se dirigeant vers la cabine de contrôle. Il voit derrière lui les tentacules du G-Type, probablement à sa recherche. 

Le G-Type défonce la porte du wagon et commence à se frayer un chemin à l’intérieur de celui-ci. Dans l’obligation de se cacher, Claire se glisse dans un passage ouvert par un panneau mobile, et se suspend sous le train, pendant que le monstre continue sa progression. 

Leon ouvre un panneau de secours sur le toît, au dessus de la cabine de contrôle du train. Sherry ne parvient pas à trouver sur quel bouton appuyer pour démarrer le train, et il lui indique lequel. Le train commence à ralentir, et . pendant ce temps, Claire est toujours dessous, et lutte pour tenir bon.

Le train s’arrête. L’ordinateur prévient qu’il va exploser dans trente secondes. Claire distingue la lumière du jour, et la sortie du tunnel. Leon et Sherry sont déjà hors du train, cherchant Claire à l’avant de celui-ci. Elle les rejoint juste au moment où le G-Type commence à pénétrer dans la cabine du train. 

Les trois héros se précipitent vers la sortie d’où ils voient briller la lumière du soleil. Ils ont survécu jusqu’au matin du 30 septembre 1998…

Les tentacules du monstre sortent de la cabine de contrôle, à la recherche de leurs ennemis. L’ordinateur continue son compte à rebours, 5, 4, 3, 2…

Au dernier moment, le monstre réalise ce qui est sur le point d’arriver. Les héros rejoignent la sortie du tunnel. Le train explose rapidement, wagon par wagon, de l’arrière vers l’avant. 

Le feu de l’explosion surgit violemment du tunnel, avant de se transformer en un nuage noir de poussière. Claire et Sherry se relèvent, remarquant que chacune d’elle a l’air affreux. Leon se lève, et s’éloigne déjà, en disant qu’ils n’ont pas de temps à perdre. Claire lui demande pourquoi. 

Il se retourne et lui dit : « Hey, c’est à nous d’anéantir Umbrella ! ».

 

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