Le 23 juillet 1998 : un train de voyageurs traversant la forêt de Raccoon est attaqué par une nuée de sangsues mutantes et hideuses, tandis qu’un homme vêtu d’une robe blanche contemple la scène d’une colline avoisinante.

Deux heures plus tard, l’équipe Bravo des S.T.A.R.S., Enrico Marini, Richard Aiken, Kenneth Sullivan, Edward Dewey, Forest Speyer et, pour sa première mission, la nouvelle recrue Rebecca Chambers, survole la région à bord de leur hélicoptère. Ils sont plongés dans l’enquête des récents meurtres qui ont eu lieu dans les faubourgs de Raccoon City. Rebecca, qui nous raconte cette histoire après les faits, réalise qu’ils n’avaient aucune idée de ce qui allait se passer, qu’ils n’avaient aucune chance de survie. 

Subitement, une panne de moteur force Kevin, le pilote de l’équipe Bravo, à effectuer un atterrissage forcé. Au sol, les STARS découvrent qu’ils se sont posés non loin de l’épave d’un véhicule de transport militaire. L’épave est encore entourée des corps des Policiers Militaires, leurs visages tordus dans d’atroces grimaces.
Enrico entreprend de fouiller le camion, mais Rebecca découvre l’ordre des PM avant que le capitaine de l’équipe ne puisse apercevoir le filet visqueux qui dégouline du pare-brise du véhicule. Les PM transportaient l’ex Sous-lieutenant Billy Coen, âgé de 26 ans, vers une base militaire proche. Suite au jugement prononcé par la cour martiale la veille, Coen allait être exécuté. 

Naturellement, Enrico et Edward pensent que Coen est responsable de la mort des soldats. Enrico ordonne à ses hommes de se séparer et d’inspecter la zone, tout en restant vigilant, Coen ne devant pas être très loin. Rebecca s’éloigne, seule, et découvre un train à l’arrêt. Sur les parois du train, la jeune recrue peut lire l’inscription suivante : Ecliptic Express. 

Quand elle pénètre à l’intérieur, Rebecca constate que tous les passagers à bord du train sont morts. Pourtant, quelques-uns se meuvent encore. 

La cabine du conducteur et le compartiment des moteurs sont tous deux fermés à clef. Des documents tachés de sang trouvés dans une cabine passager révèlent que les voyageurs manigançaient quelque chose. Apparemment, l’Ecliptic Express transportait une équipe de nettoyage vers une destination inconnue, abandonnée depuis des lustres. L’équipe comptait rouvrir cet endroit, mais les taches de sang l’empêchent d’en apprendre plus à ce sujet. 

Non loin de la porte du compartiment des moteurs, Rebecca découvre une clef sur un cadavre qui servira à déverrouiller le wagon-restaurant. Au même moment, Billy Coen, une menotte toujours accrochée à son poignet, surprend la jeune femme. Il la tient en joue, mais réalise très vite que Rebecca, une recrue troublée et hésitante, n’est représente pas vraiment une menace à ses yeux. Il baisse son arme et, faisant demi-tour, quitte la scène, ignorant les injonctions qu’elle lui lance. 

Rebecca regarde Billy s’éloigner, mais avant qu’elle n’ait pu le suivre, Edward Dewey vient s’écraser sur le plancher après être passé au travers d’une des fenêtres du wagon. Edward, qui semble avoir été attaqué par une meute de chiens sauvages, lance à Rebecca que "c’est bien pire que… qu’il y a… des zombies et des créatures dans les bois…"
Alors que Rebecca essaie de lui faire reprendre connaissance, elle est interrompue par deux chiens-zombies qui fracassent et traversent une autre fenêtre, bien décidés à atteindre leur nouvelle proie. Elle les abat de son pistolet, puis, réalisant qu’elle ne peut plus aider Edward, part à la recherche de Coen.
Enrico contacte Rebecca sur sa radio comme elle repasse par le wagon de passagers plongé dans la pénombre. Ils en ont appris un peu plus sur Billy Coen : il a été jugé en cour martiale pour meurtre. Il se pourrait bien qu’il ait tué plus d’une vingtaine de personnes. Récemment, il a également été placé dans une institution. Enrico demande à Rebecca de rester sur ses gardes, puisque Coen ne réfléchirait pas à deux fois avant de la tuer. 

Dans le wagon-restaurant, Billy réussit, une nouvelle fois, à prendre Rebecca par surprise. Il lui propose de travailler ensemble, puisqu’il y a "des créatures étranges " à bord du train. Rebecca lui lance avec colère qu’elle n’a pas besoin de l’aide de la part d’un "criminel recherché par les autorités ". Billy rétorque, d’un air condescendant, qu’il ne bougera pas et attendra sur place, à l’entrée de la section restaurant, pendant qu’elle se charge de tout. 

Laissant Billy derrière elle, Rebecca monte à l’étage fouiller la salle à manger. Un homme, vêtu d’un vieux costume usé, est assis à l’une des tables, les yeux ouverts bien qu’immobiles. Rebecca pose une main sur son épaule et le secoue légèrement. Tournant la tête pour la regarder, cette dernière se détache de son corps en un craquement sec. Comme Rebecca se met à crier, le corps de l’homme se tord le temps d’un instant, puis se dissout en une masse de sangsues luisantes. Les sangsues s’entassent soudainement les unes par dessus les autres, s’assemblant entre elles pour former un nouveau corps difforme avec la tête du vieil homme. 

Ce zombie "sangsue " attaque Rebecca de ses membres élastiques. La jeune recrue vide un chargeur entier sur la créature visiblement sans succès, jusqu’à ce qu’un tir venu de nulle part explose une partie de sa tête. La créature se décompose alors en une multitude de sangsues qui se précipite sur le corps de Rebecca, la recouvrant d’un liquide visqueux avant de la faire tomber à terre. 

Soudainement, une des sangsues recouvrant le corps de Rebecca explose. Billy continue de tirer, en tuant deux autres alors que les créatures bondissent maintenant dans sa direction pour l’attaquer. Les créatures finissent par s’enfuir. Alors que Billy s’assure de l’état de Rebecca, toujours recouverte d’un liquide visqueux, hors d’haleine mais qui est toutefois hors de danger, tous deux aperçoivent un étrange homme qui les observe à l’extérieur du train. 

L’Ecliptic Express se met brusquement en mouvement. Billy suggère qu’ils devraient vérifier la salle des machines et réitère son conseil : ils doivent travailler ensemble. Rebecca finit par accepter à contrecœur, mais prévient Billy qu’elle n’hésitera pas à lui tirer dessus s’il essaie de jouer au plus fin. Non seulement Billy lui répond qu’il est d’accord, mais il lui donne en plus une boite de balles. 

Les portes automatiques du train sont verrouillées en raison d’une coupure de courant. Empruntant une échelle extérieure située au fond du wagon- restaurant, Rebecca grimpe sur le toit du train où elle réalise que quelque chose a déconnecté le branchement du courant. En rebranchant le circuit, elle découvre que cette "chose " en question est encore une nouvelle forme visqueuse et malveillante lorsque cette dernière la projette au travers d’une ouverture du toit. Après sa chute, Rebecca atterrit dans la cuisine. Dans cette pièce, elle trouve une clef dont Billy et elle ont besoin, mais elle ne peut sortir de cet endroit car la serrure de la porte de la cuisine est bloquée. 

A l’aide du monte-plats, Rebecca envoie la clef à Billy, qui peut désormais accéder au niveau inférieur de la cuisine. La clef ouvre la cabine du conducteur, où Billy met la main sur une serviette bizarrement verrouillée et découvre une échelle intérieure qui donne accès au bar à l’étage. A ce niveau, il trouve un pic- à- glace, qui semble justement être l’objet idéal pour débloquer la porte de la cuisine. Dans une cabine privée, il découvre un vieux fusil de chasse posé sur un lit. Quand il rebrousse chemin pour rejoindre Rebecca, il est attaqué par un gigantesque scorpion dans la salle du bar qu’il vient de traverser. La créature déchire le toit pour se frayer un passage et détruit le bar dans le même temps. L’ex militaire fait feu de sa nouvelle acquisition jusqu’à ce que le scorpion s’effondre sur le sol, sans vie. 

Billy retrouve Rebecca dans la cuisine et découvre l’un des objets nécessaire pour déverrouiller la serrure de la serviette dans le wagon à bagages. Ensemble, ils réussissent à libérer le lance-grappin de son logement que Rebecca utilise ensuite pour atteindre une autre partie du toit à partir d’une autre échelle extérieure endommagée. 

Au bout de quelques mètres, elle découvre une nouvelle ouverture du toit et se laissant glisser à l’intérieur, elle pénètre dans une cabine passager. Dans la pièce, Rebecca met la main sur le deuxième objet qui permet d’ouvrir la serviette. Elle rejoint Billy dans le couloir de la cabine du conducteur, où ils parviennent enfin à ouvrir la serviette. Cette dernière contient une carte d’accès qui déverrouille la porte de la salle de contrôle. 

Alors que Rebecca ouvre la porte, elle surprend une conversation radio entre un soldat, en armure et équipé d’un masque à gaz, et son supérieur. Le soldat rapporte que "l’équipe Delta " a pris le contrôle du train et attend les ordres. 

Le supérieur en question n’est autre qu’Albert Wesker. Lui et William Birkin commandent l’équipe Delta depuis un endroit inconnu. Birkin, visiblement agacé, se demande comment le laboratoire et le manoir ont pu être contaminés. Wesker couvre le microphone et réplique que cela n’a pas d’importance pour le moment. Il ordonne au soldat de détruire le train.

Ce soldat n’aura jamais l’occasion de le faire. Lui et un de ses coéquipiers non loin de la scène sont brusquement tués par une nuée de sangsues. Billy et Rebecca évitent les corps des soldats et pénètrent dans la cabine de contrôle. 

A l’intérieur, ils réalisent qu’ils n’ont plus que quelques minutes avant que le train, qui n’est plus dirigé, ne déraille. Rebecca s’empare d’une carte d’accès laissée sur le panneau de contrôle et demande à Billy de l’attendre ici pendant qu’elle actionne le frein qui se trouve à l’arrière du train. 

Se frayant un chemin entre les zombies, Rebecca tente de gagner l'arrière du train. Lorsqu'elle pénètre dans le wagon précédent celui du restaurant, un zombie est penché sur un cadavre en train de le dévorer. Horrifiée, la jeune femme reconnaît son coéquipier, Edward Dewey. Malgré sa surprise et sa peur, elle se force à tirer sur lui. Edward enfin hors d'état de nuire, elle gagne enfin le panneau de contrôle. Avec l'aide de Billy, ils réussissent à actionner le frein d’urgence du train, sans pour autant empêcher le véhicule de continuer sa route et de s’écraser dans un tunnel condamné, loin de sa voie habituelle. Quand ils reprennent leurs esprits, Billy et Rebecca réalisent qu’ils se trouvent dans une gare souterraine. L’impact du train a endommagé les lieux et plusieurs brasiers se sont déclenchés. 

Une porte voisine débouche sur un conduit d’égout. Au détour d’un recoin, ils découvrent une échelle qui mène à une trappe. Lorsque Billy ouvre la trappe, ils se retrouvent tous deux dans le hall d’entrée d’une grande bâtisse. Des lampes à huile et des ampoules de faible puissance éclairent la salle, si longtemps désertée que chaque pas soulève de petits nuages de poussière. En son centre se trouve le symbole d’Umbrella gravé sur le sol de marbre, d’où l’on peut lire l’inscription suivante "Le Centre de Recherches d’Umbrella". En haut des escaliers, Billy et Rebecca découvrent un immense portrait craquelé et passé d’un vieil homme. La plaque dit : "James Marcus, Premier Directeur Général". Rebecca, le souffle coupé par la surprise, reconnaît alors le visage de cet homme qu’elle a déjà vu auparavant : celui de la créature du train composée de sangsues. 

Wesker et Birkin observent Billy et Rebecca depuis leur salle de surveillance. Birkin demande qui ils sont et Wesker lui répond que la jeune femme est une nouvelle recrue des STARS. Cependant, il ne connaît pas l’identité du jeune homme. 

Soudainement, un vieux système de haut-parleurs délivre un ancien message. Il provient de Marcus, qui demande à tout le monde de garder le silence tandis qu’il passe en revue les trois piliers de la devise d’Umbrella : unité, discipline et obéissance. Alors que Wesker et Birkin essaient de comprendre qui a bien pu passer ce message, l’homme en blanc déjà vu auparavant par Rebecca et Billy apparaît sur tous leurs écrans de contrôle. Il lâche un rire et se prétend responsable de la contamination du laboratoire et du train. Son but, poursuit-il, est de se venger d’Umbrella. 

Une masse de sangsues apparaît devant le jeune homme et se dresse en prenant, une fois de plus, apparence humaine : celle du vieil homme du wagon- restaurant, James Marcus. Le jeune homme s’approche de la caméra et s’adressant à Wesker et Birkin, lance qu’il y a dix ans, tous deux ont aidé Umbrella à assassiner James Marcus. Désormais, le temps de la vengeance a sonné. 

Billy et Rebecca découvrent rapidement que le centre de formation n’est pas désert. Plusieurs équipes de nettoyage sont arrivées récemment afin de rouvrir le site, tous leurs membres ont semble-t-il succombé au virus-T. La double porte d’entrée du centre est bloquée par un étrange mécanisme de barricade, si bien qu’ils sont obligés d’explorer la vieille demeure. 

Comme ils fouillent le centre, éliminant des groupes de morts-vivants et contournant une série d’obstacles, ils finissent par rencontrer deux autres zombies-sangsues et mettre la main sur plusieurs documents abandonnés par l’équipe de nettoyage ou l’ancien personnel enseignant. Dans une immense salle, qui a pu autrefois servir à parquer et nourrir des animaux, Rebecca découvre une clef qui se trouve malheureusement hors de portée. Séparée par une cage, Rebecca réussit à la récupérer avec l’aide de Billy qui actionne un mécanisme de chaînes servant à soulever la cage. Après avoir récupéré la clef, Rebecca se fait surprendre par un énorme scolopendre mutant. La créature s’empare de la jeune femme de ses pattes et la retient prisonnière sous son corps. Billy parvient à tuer le mutant d’une volée de coups de feu et libère par la même occasion sa partenaire. 

La clef déverrouille les portes de la salle de réunion ainsi que celle du bureau, étonnant de propreté, du directeur du centre. Une ancienne entrée du journal de l’assistant du directeur parle d’un certain groupe de stagiaires et remarque par la même occasion combien les seuls membres intéressants du lot sont "Will l’intello " et "Al le pragmatique ". L’assistant précise ensuite que James Marcus lui demande de pousser constamment Will et Al l’un contre l’autre, qui étaient tous deux déjà naturellement de nature compétitive. D’après le journal, c’est la première fois que Marcus ait manifesté de l’intérêt pour autre chose que ces recherches depuis qu'il est directeur du centre. 

Une pièce de métal dissimulée dans le bureau du directeur s’avère être la dernière partie manquante que Billy et Rebecca ont besoin pour régler une pendule du deuxième étage à une certaine heure. Ce faisant, ils déverrouillent la porte d’une salle de réunion au premier étage, celle d’une salle de projection, qui livre le disque de sécurité qui permet de libérer les quelques double-portes barrées par le mécanisme des chevaliers en armure. Naturellement, il ne sera pas aussi simple de quitter le centre en passant par la double porte du hall d’entrée, puisque le délabrement qui caractérise l’ensemble du bâtiment a également gagné le pont d’accès. Le centre de formation repose sur une falaise, surplombant une rivière, mais c’est un chemin long et difficile.

Une pièce du premier étage, décorée par un échiquier géant, s’avère être le bureau de James Marcus en personne. Billy résout rapidement l’énigme et cette dernière révèle un compartiment secret sur le bureau qui contient le journal de Marcus. Le journal, qui doit être vieux d’une vingtaine d’années, détaille la création d’un virus que le directeur du centre appelle "précurseur " et, par la suite, la synthèse d’un virus baptisé "T" pour tyran, associant le virus "précurseur" aux gènes ADN de sangsues. L’intégralité des expériences personnelles de Marcus impliquait des sangsues, avant qu'il ne fasse une découverte fondamentale quelque temps après, en utilisant des humains comme cobayes. Les nouveaux travaux de Marcus ont attiré l’attention de Spencer qui a commencé à enquêter discrètement sur ses recherches. La dernière entrée du journal sonne comme une menace : quiconque interfère dans ses travaux finiront comme sujets de ses expériences. 

Résolvant une nouvelle énigme, Rebecca et Billy découvrent que le portrait de Marcus du hall d’entrée cache en réalité une entrée secrète qui mène au sous-sol du centre. A l’étage inférieur, ils découvrent une cellule de pierre et le manifeste d’un prisonnier semble suggérer que cet endroit est une salle de détention, de style médiéval, qu’Umbrella utilisait pour ses prisonniers et cobayes humains. 

Billy hisse Rebecca afin qu’elle atteigne un conduit d’aération. Quand elle pénètre à l’intérieur et se glisse de l’autre côté de la salle, elle réalise qu’elle a atterri dans une salle de torture, sanglante, fréquemment utilisée, dans laquelle se trouve une vierge de fer. 

La boite d’alimentation du centre se trouve également dans cette pièce. Rebecca rétablit le courant, ce qui coupe le jet de vapeur de la salle de la chaudière qui bloquait le passage de l'autre côté du sous-sol, mais alerte également l’étrange jeune homme. Il déclare, en regardant Rebecca sur l’écran de contrôle du système de surveillance, qu’elle pénètre sur un territoire privé. Quelque part, une cage s’ouvre et une créature grogne tandis qu’elle est libérée. 

Rebecca examine avec méfiance la chambre de torture quand, soudainement, quelque chose bondit sur son dos. Quand elle réussit à s’en défaire, elle réalise qu’il s’agit d’un babouin muté et agressif, ses griffes et ses dents saillant comme de vicieux crochets. Cet "Eliminator" bondit de nouveau, mais Rebecca réussit à l’esquiver en sautant de côté. Alors qu’elle roule sur elle-même pour se remettre sur ses pieds, le sol cède sous elle. 

A l’étage principal du laboratoire privé de William Birkin, ce dernier examine avec attention une feuille de papier. Il demande à Wesker si c’est bien la véritable identité du jeune homme. La réponse de Wesker est simple : qui qu’il puisse être, si la conspiration visant à faire la lumière sur l’assassinat de Marcus est révélée, les carrières de Birkin, Spencer et la sienne seront finies. La réaction de Wesker est sans équivoque : il a l’intention de quitter Umbrella. Le capitaine des S.T.A.R.S. n’a seulement besoin que de récupérer davantage de données de combat sur le virus-T et pour ce faire, il a les S.T.A.R.S. à sa disposition. Birkin, d’un autre côté, a besoin de plus de temps pour perfectionner son virus-G. Il annonce à Wesker qu’il compte déclencher le système d’autodestruction du complexe afin de réduire en poussière le centre de formation et toutes les preuves qu’il peut contenir. 

Rebecca, suspendue dans le vide du cratère surplombant une rivière souterraine et désespérément accrochée à une structure métallique, appelle Billy à l’aide de sa radio. Ce dernier rebrousse chemin jusqu’au hall du centre de formation pour rejoindre Rebecca, terrassant quelques "Eliminators " au passage. Il finit par retrouver la jeune fille au deuxième sous-sol et réussit à attraper son bras avant qu’elle ne lâche prise. 

Comme Billy hisse Rebecca hors du trou, elle le remercie, ce à quoi il répond qu’il n’a fait que tenir sa parole. Après tout, ils ont accepté de travailler ensemble. La radio de Rebecca émet un signal sonore, indiquant qu’elle reçoit un appel d’Enrico Marini. Le capitaine lui demande si elle a trouvé Coen. Tout en regardant Billy, elle répond par la négative, ajoutant qu’elle garde l’œil ouvert. 

Rebecca sourit à Billy, déclarant que sa grande carrière dans la police est probablement bien compromise. C’est sa première mission et voilà qu’elle a déjà désobéi aux ordres. Au moins, poursuit-elle, elle ne restera pas en vie assez longtemps pour le regretter. Elle change subitement de sujet et interroge Billy sur les meurtres. Elle lui déclare qu'elle n’a pas l’intention de le juger, mais veut simplement savoir s’il a vraiment tué les vingt-trois personnes comme l’indique le rapport. 

Billy lui raconte qu’à la même époque l’année dernière, son unité avait été envoyée en mission dans la jungle africaine pour intervenir dans une guerre civile locale. Leur cible était le repère d’un groupe de guérilla. Quand son unité avait réussi à atteindre sa destination, la chaleur et la guérilla avait coûté la vie de plusieurs de leurs hommes : ils n’étaient plus que quatre. 

A ce moment là, ils découvrirent que toute l’opération avait été montée sur de fausses informations. Le "repère des guérilleros" n’était en fait qu’un simple village d’innocents. Le commandant de Billy refusa d’oublier la perte de ses hommes et, à la place, fit rassembler les villageois pour les fusiller. Dans son flash-back, Billy se rappelle avoir essayé de convaincre son supérieur d’épargner ces innocents, mais son chef était bien décidé à ne rien entendre. Frappant Billy au visage de sa crosse, il ordonna à ses hommes d’ouvrir le feu. 

Billy reste silencieux après son récit. Rebecca lui demande alors s’il a vraiment exécuté tous ces innocents, mais Billy est décidé de ne plus en dire davantage : "C’est du passé, c’est fini aujourd’hui." Rebecca lui avoue que ses coéquipiers croient qu’il a tué les policiers dans la forêt, mais qu’elle sait bien qu’il n’est pas l’auteur de ces crimes. Elle pense que ce sont ces chiens-zombies. Une nouvelle fois, Billy lance que de toute manière, cela n’a plus d’importance : il doit soit se rendre et purger sa peine, ou bien il peut continuer de fuir le plus longtemps possible. Ainsi se termine la discussion. 

Le second sous-sol devait apparemment servir de caserne du centre, logeant les stagiaires et servant de zone de stockage. Dans une chambre jadis bien meublée, Rebecca et Billy découvrent une grande plaque de métal dans la cheminée, qui se logerait parfaitement sur le panneau de contrôle de la salle de l’observatoire. Au dernier sous-sol, Billy récupère la dernière clef manquante parmi les restes d’ossements humains et fait la rencontre de quelques Hunters dans une espèce de petit labyrinthe, semblable à celui que les zoologistes utilisent pour tester l’intelligence des rongeurs. 

La dernière clef déverrouille la porte donnant sur la zone de récréation au premier étage du centre de formation. Les zombies sangsues sont de retour dans cet endroit, mais Billy et Rebecca se sont désormais rendus compte qu’ils sont vulnérables au feu et ont improvisé des cocktails Molotov en utilisant des bouteilles remplies d’essence. Éliminant les zombies par les flammes, Rebecca découvre une autre plaque prise dans un étau dans la salle des machines, tandis que Billy met la main sur une batterie dans la cave à vins. Cette batterie permet de faire fonctionner un monte-charge de fortune, utilisé par l’équipe de nettoyage et qui permet au duo de descendre une caisse providentielle devant la façade d’entrée du centre. Rebecca et Billy finissent donc par récupérer la dernière plaque abandonnée au sommet d’une colonne à l’extérieur de la bâtisse. 

Aussitôt que les trois plaques mises en place sur le panneau de contrôle de la salle de l’observatoire, un grondement se fait soudainement entendre. Lorsque Rebecca et Billy jettent un coup d’œil à l’extérieur, ils réalisent que l’observatoire s’est tourné sur lui-même. En effet, la porte qu’ils viennent de passer donne désormais sur un balcon au premier étage, alors que la porte verrouillée de l’autre côté de la salle les conduit vers une ancienne chapelle. 

La porte d’entrée de la chapelle est fermée, mais le verrou est bizarrement relié à une des dalles de l’atrium qui jouxte l’église. Billy appuie de tout son poids sur la dalle, ce qui permet à Rebecca d’entrer dans la chapelle. Cette dernière est devenue le repère d’une chauve-souris géante mutante. Rebecca parvient tant bien que mal à tuer la créature en la bombardant de son lance-grenades. Utilisant le lance-grappin du train qu’ils ont conservé et transporté avec eux, Rebecca parvient à atteindre le toit de la chapelle en grimpant par une brèche. 

Du toit, empruntant une échelle, elle descend dans le jardin de la chapelle, où elle parvient à rétablir le courant de l’ascenseur. L’ascenseur les conduit, Billy et elle, dans un complexe secret situé sous la chapelle : le laboratoire de James Marcus. 

A en juger par les cadavres encore frais et les zombies qui ont investi ses couloirs, le laboratoire a été également visité par l’équipe de nettoyage d’Umbrella. Le complexe est également hanté par quelques zombies sangsues. En utilisant de nouveau le lance-grappin, Rebecca se hisse par une brèche du plafond de la bibliothèque et accède à l’étage supérieur où Marcus réalisait ses expériences. Communiquant par radio et utilisant un nouveau monte-plats providentiel pour s’échanger des objets, Rebecca et Billy travaillent de concert pour résoudre toutes les énigmes du laboratoire. Finalement, après avoir découvert deux bijoux en forme de sangsues dans la salle d’archive et le bureau d’étude de Marcus, Rebecca et Billy réussissent à accéder à une salle où se trouve un téléphérique, récemment construit, qu’ils entendent bien utiliser pour quitter le complexe. Alors qu’ils se lancent à la recherche de composants nécessaire pour remettre en marche le téléphérique, Billy découvre une vieille photo en noir et blanc dans le bureau d’étude de Marcus, impeccablement entretenu, félicitant "James " pour l’obtention de son diplôme universitaire en 1939. De ce fait, Billy conclut que le jeune homme qu’ils ont aperçu contrôlant les sangsues ne peut être que le fils ou bien le petit-fils de Marcus vu leur ressemblance. 

Lorsqu'ils ont fini par trouver tous les composants nécessaires, Rebecca se hisse par une ouverture à l’aide du lance-grappin dans la petite salle de contrôle du téléphérique et met en marche l’appareil. Comme ils se préparent à monter à bord du téléphérique, le malheur vient frapper : un "Eliminator " saute de la toiture de l’appareil sur laquelle il se trouvait sur Billy, entraînant ce dernier dans sa chute vers des profondeurs abyssales. Alors que Rebecca se précipite vers la rambarde de la passerelle, elle est surprise par l’attaque d’un zombie sangsue, qu’elle finit par incinérer le temps d’un affrontement. 

Seule, Rebecca remet en marche le téléphérique qui a été saboté par des sangsues du zombie sangsues et se dirige vers l’inconnu. L’appareil l’emmène dans un entrepôt isolé, quelque part sous Raccoon City, où elle découvre une plaque tournante utilisée pour le transport de wagons (deux mois plus tard, Claire et Leon utiliseront cette même plaque tournante pour atteindre le laboratoire de William Birkin). Dans la cabine du téléphérique, Rebecca s’approprie le pistolet magnum d’un cadavre. Elle suit ensuite une passerelle de la cage de la plaque tournante en empruntant un petit monte-charge. Dans une salle de surveillance, elle découvre la clef de la plaque tournante et remarque un écran de surveillance montrant une créature humanoïde d’une étrange allure, à la peau blanche, conservée dans un caisson. Retournant dans la salle de contrôle, Rebecca utilise la clef pour faire remonter la plate-forme de la plaque tournante à son niveau. 

La plaque tournante la conduit à l’étage principal d’un complexe inconnu. Une chute de pierre bloque toute progression vers le passage situé derrière la plaque tournante et Rebecca se refuse à une exploration minutieuse de la zone. Quand elle s’approche d’un ascenseur, elle entend le bruit de l’appareil qui arrive à l’étage. Quand les portes s’ouvrent, Enrico Marini en sort. 

Marini confie à Rebecca que le reste de l’équipe aurait déjà dû se rassembler ici à l’heure qu’il est. S’ils poursuivent leur route à partir de cet endroit, explique-t-il, ils devraient atteindre un ancien manoir où Umbrella réalise ses expériences. Il demande à Rebecca de l’accompagner, mais la jeune recrue lui répond qu’elle le rejoindra plus tard. Elle doit retrouver Billy. Enrico, persuadé que le prisonnier en cavale ne s'en sortira pas, essaie de la convaincre d’abandonner sa mission. Rebecca lui assure que tout se passera bien. Alors qu’Enrico reprend sa route, Rebecca, en voix narrative, déclare qu’elle ne revit jamais Enrico. 

Une clef abandonnée près de l’ascenseur qu’Enrico vient d’emprunter déverrouille la porte d’un autre ascenseur situé dans la salle où des amas de pierres bloquent le passage. Comme Rebecca actionne l’ascenseur, quelque chose surgit des décombres derrière elle pendant qu'un rideau de fer s'abaisse, l'empêchant de s'enfuir, et se retrouvant face-à-face avec le monstre dans un espace réduit. 

Deux jours plus tard, Wesker annoncera aux STARS le nom de cette créature : un Tyrant.
Seule et terrorrisée, Rebecca se retrouve face à cette créature incroyablement puissante, hideuse et déterminée à l'exterminer. Sans relâche, le monstre charge en direction de Rebecca, tentant de l'empaler avec sa griffe démesurée. Profitant de sa petite corpulence, la jeune fille parvient à contourner le monstre, désavantagé par son attaque répétitive devenue prévisible, et ses déplacements trop lents. Sans hésiter et trop effrayée pour réfléchir, elle vide presque deux chargeurs de magnum sur le Tyrant avant qu'il ne s’écroule à terre, vaincu. 

L’ascenseur qui vient d’arriver à l’étage propose plusieurs destinations, comme la gare du train sous le centre de formation, mais le seul endroit que Rebecca n’ait encore exploré est le quatrième niveau de sous-sol. Comme elle actionne l’ascenseur pour rejoindre ce niveau, le jeune homme et sa horde de sangsues l’observent depuis un nouvel écran de surveillance. Il lance de vive voix, comme si elle pouvait l’entendre, qu’elle et son ami ne l’amusent plus. Désormais, rien, ni personne ne l’empêchera d’assouvir sa vengeance. 

L’ascenseur amène Rebecca sur un pont étroit, surplombant une rivière. En dessous du pont, elle aperçoit Billy, inconscient mais en vie, accroché à une colonne de béton sectionnée au milieu de la rivière. Rebecca l’appelle en criant, quelques secondes avant que quelque chose ne vienne heurter Billy sous la surface et le projette hors de l’eau. Il hurle de douleur alors il est entraîné par le courant dans un passage inconnu. 

Ne pouvant rien faire pour lui, Rebecca regarde, impuissante, le courant l'emmener. Elle se résigne et continue son chemin à contrecoeur, peinant à détacher son regard de l'endroit d'où son coéquipier de fortune a disparu. Le pont sur lequel elle est engagée donne sur une salle de contrôle de l’alimentation, plongée dans l’obscurité. Rebecca parvient à rétablir l’électricité en résolvant l’énigme de la console du panneau de contrôle et peut donc utiliser le petit monte-charge qu’elle venait de dépasser dans le couloir. Le monte-charge l’entraîne au niveau inférieur, dans une usine de traitement de déchets abandonnée, qui, tout comme le centre de formation, grouille pourtant de zombies et de nombreuses autres créatures. Rebecca doit se frayer un chemin dans les multiples niveaux de l’usine affrontant créature après créature, éliminant un zombie sangsue au passage. 

En arrivant sur une passerelle métallique, elle aperçoit un corps inerte allongé à terre, probablement rejeté par la force du courant de la rivière qui s’écoule en dessous. Reconnaissant Billy, elle se précipite vers lui et l'aide à reprendre connaissance. Alors qu'il tousse et crache l’eau de ses poumons, Billy a subitement une vision. Rebecca lui demande ce qui ne va pas, tandis que le regard de Billy se pose sur une pile d’ossements humains, nus, brunis par le temps et la décomposition, baignant dans une flaque d’une substance visqueuse si épaisse qu’elle ne s’est pas écoulée au travers des grilles de la passerelle sur lesquelles elle repose. Billy, les yeux rivés sur les crânes aux rictus figés, revoit la scène du massacre des villageois en Afrique. Rebecca se demande qui a pu faire une chose pareille, et Billy lance qu’ils doivent être les restes des sujets d’expériences de Marcus : "Marcus a encore dû poursuivre ses expériences sur le virus Mère ! "

De nouveau réunis, Rebecca et Billy retournent dans l’usine. Comme le centre de formation, l’usine regorge d’énigmes, de machines endommagées ou bien cassées, de créatures de toutes sortes et de portes verrouillées. Alors que Rebecca et Billy surmontent ces obstacles, le Tyrant apparaît de nouveau au neuvième niveau de l’usine, pour finir par s’écrouler sous une pluie de coups de feu. 

Rebecca et Billy sont obligés de se séparer le temps d’un moment pour déverrouiller une porte et actionner un levier. Ce faisant, Rebecca réussit à fermer la vanne du barrage de l’usine ce qui permet au duo d’atteindre la salle d’incinération. A l’intérieur, ils se rendent compte que la salle n’est plus utilisée pour sa fonction première : à la place, c’est désormais le lieu de prédilection de reproduction des sangsues. 

Le jeune homme en blanc les accueille "chaleureusement" depuis la passerelle au-dessus d’eux, puisque, après tout, c’est leur veillée funeste. Billy exige des explications, voulant connaître l’identité du jeune homme. 

Comme réponse, le visage de l’homme se transforme, vieillissant de plusieurs décennies en l’espace d’un instant jusqu’à prendre les traits de James Marcus. 

De sa voix de vieil homme, Marcus leur explique qu'il y a dix ans, Spencer le fit assassiner. Il travaillait durement sur le projet de ses bestioles, les sangsues, quand deux hommes en uniforme firent irruption et ouvrirent le feu avec des fusils mitrailleurs. Alors que Marcus se remémore la scène, nous vivons ses derniers moments à travers ses yeux : Wesker et Birkin, plus jeunes de quelques années, penchés au dessus de lui, Birkin promettant de reprendre ses recherches, puis, la dernière chose que Marcus ait vu : l’eau le recouvrant, réveillé brièvement par le choc lorsque son corps fut jeté au fond des eaux de l’usine de traitement. 

La reine sangsue de Marcus parvint à retrouver son cadavre. Elle se glissa dans sa bouche et commença à se reproduire. Mystérieusement, le virus-T présent à l’intérieur de la reine ressuscita Marcus, le transformant en une créature inhumaine, capable de se métamorphoser à volonté, contrôlant son armée de sangsues intelligentes. 

Marcus déclare qu'il est désormais de retour et que le monde se consumera dans un brasier de haine. Billy montre le poing en direction de Marcus et lui répond qu’il paiera pour ce qu’il a fait. Visiblement déterminé dans sa folie, Marcus continue de rire…

Son rire se transforme peu à peu en une grimace de douleur, et se met à cracher un filet de liquide visqueux, vomissant ensuite quelques sangsues. Son visage se fige, horrifié, comme surpris, et son corps se met alors à se déformer. Marcus se transforme en une hideuse créature, l’ultime incarnation du zombie sangsue que Rebecca et Billy n’ont cessé d’affronter toute la nuit. Sa transformation terminée, la créature bondit de la passerelle, prête à passer à l’attaque. 

La menace de Marcus n’était pas loin de se réaliser : la créature, crachant des filets d’acide et fouettant de ses tentacules élastiques qui lui servent maintenant de bras, semble capable de résister à la moindre blessure. Après avoir reçu assez de balles pour tuer une douzaine d’hommes ou quelques Tyrants, Marcus hurle d’une voix indéfinissable, et s’effondre sur le sol, silencieux. 

Deux clefs sont tombées de ce qui étaient autrefois les poches de Marcus. Billy et Rebecca utilisent ces deux clefs, en même temps, pour ouvrir une ultime porte de sécurité de l’autre côté de la salle d’incinération. Derrière la porte, ils découvrent un monte-charge qui conduit au cinquième niveau, qui leur était jusque-là inaccessible. Poussant un soupir de soulagement, Rebecca actionne l’interrupteur du monte-charge. 

Le monte-charge se met soudainement à vibrer, alors que quelque chose explose au fond de la cage de l’élévateur. Billy l’aperçoit le premier : c’est la reine sangsue, devenue un monstre grotesque de la taille d’un camion, remontant hasardeusement mais rageusement la cage de l’élévateur dans leur direction. Dans un premier temps, il semblerait que Billy et Rebecca puissent réussir à la distancer, mais alors que le monte-charge arrive au bout de sa course, la reine sangsue vient heurter la plate-forme de plein fouet. Sous le choc, la plate-forme bascule, projetant Billy et Rebecca dans le hangar de chargement de l’usine de traitement. Au même moment, William Birkin met son plan à exécution : le compte à rebours du système d’autodestruction est enclenché. 

La reine glisse sur le sol du hangar, attaquant Billy et Rebecca de ses pseudopodes gonflés, et les aspergeant d’un fluide nocif. La créature est lente et possède un corps flasque, mais elle est également énorme. Malgré leurs tentatives, les armes du duo ne peuvent pas faire grand chose, si ce n’est la ralentir. 

Au- dessus d’eux, les panneaux de la plate-forme du hangar s’entrouvrent légèrement, laissant filtrer un rayon de lumière. La sangsue, toujours en vie, s’abrite de la lumière, comme blessée par sa soudaine apparition. Rebecca réalise alors que la créature est vulnérable à la lumière du soleil. Billy se porte volontaire pour distraire la reine, pendant que la jeune toubib s’efforce d’ouvrir complètement les panneaux du hangar. 

Tandis que Billy continue de combattre la reine, évitant difficilement ses attaques et ses jets d'acide, Rebecca actionne un après les autres les mécanismes qui verrouillent les panneaux de la plate-forme, en prenant soin d'éviter le monstre qui essaye apparemment de se diriger vers elle, usant probablement de ce qu'il lui reste d'intelligence. Au bout de quelques minutes, la jeune femme défait le dernier mécanisme et les panneaux de la plate-forme s’ouvrent enfin, baignant la créature dans la lumière directe du soleil. Enragée par la douleur, la reine se débat violemment, projetant à terre le duo de l’autre côté du hangar d’expédition. 

Comme Rebecca se relève, elle aperçoit un pistolet d’un puissant calibre, caché derrière une pile de caisses : s’en emparant, elle appelle Billy en criant et lui lance l’arme. 

Billy attrape le pistolet, met en joue la créature et ouvre le feu. La reine sangsue, déjà amochée, affaiblie par la lumière du soleil ainsi que les nombreuses blessures, ne peut en supporter davantage et les puissantes balles la transpercent de toute part, la projetant dans la cage de l’élévateur, à la rencontre de la boule de feu qui vient de naître à la suite de la séquence finale du système d’autodestruction. 

Alors que de la dégradation du bâtiment commence à être telle que tout s'écroule autour d'eux, et que l'incendie se déclenche, Billy entraîne sa partenaire de fortune pour qu'ils s'abritent. Après quelques minutes, le centre de formation d’Umbrella vole en éclat, soufflé par l’explosion. Billy et Rebecca observent tranquillement la scène depuis une colline avoisinante. Avant de se laisser tomber sur l’herbe, Billy se défait de la dernière menotte et lance la paire au loin dans le vide. Rebecca aperçoit de sa hauteur le manoir Spencer, qui ne semble être qu’à quelques kilomètres de là. Au bout d’un instant, elle s’approche de Billy, s’empare des plaques d’identification militaires de Billy et les passe autour de son cou. Elle dit alors d’un ton solennel : "Officiellement, le Sous-Lieutenant Billy Coen est décédé." Elle salue Billy du salut militaire et, faisant demi-tour, laisse le jeune homme, entamant sa descente pour rejoindre le reste de son équipe. 

Billy la regarde partir. Rebecca ne se retourne pas une seule fois, l’empêchant ainsi de voir Billy lever le pouce de sa main en signe de reconnaissance. Avant de partir de son côté, l’ex- militaire dit à voix haute : "Merci… Rebecca." 
 
1. Rebecca Chambers a visiblement survécu. Toutefois, nous ne savons rien de ce qui a bien pu lui arriver après l’incident du manoir. 

2. Billy Coen a également survécu et a été vu pour la dernière fois dans la forêt de Raccoon. Grâce à Rebecca, il est officiellement présumé mort (voir le Rapport de Rebecca document tiré des EX FILES de la version N64 de Biohazard 2). Nous ne savons rien de ce qui a pu lui arriver après leur séparation. 

3. James Marcus, le véritable créateur du virus-T, pourrait bien être mort. Il a été laissé pour mort dans la salle de l’incinérateur, peu avant l’explosion du vaste complexe souterrain de l’usine de traitement. Rappelez-vous toutefois qu’il est déjà revenu d’entre les morts une fois. 

4. Un autre virus, le "Progenitor" a été créé par Umbrella dans les années soixante-dix. James Marcus et peut-être Ozwell Spencer en sont les créateurs, ou bien ont-ils au moins fait partie de l’équipe responsable de sa création. Le "Progenitor" est vraisemblablement dérivé du "virus Mère" découvert par Spencer et Edward Ashford. 

5. Le T provient d’une combinaison du "Progenitor" et de l’ADN de sangsues, créé en 1978 par le Dr. Marcus. Après l’assassinat de Marcus, Birkin a repris ses recherches, ce qui pourrait expliquer pourquoi la plupart des protagonistes de Biohazard 2 sont convaincus que Birkin a créé le virus.